Riadenie finančných operácií sa potom uskutočňuje pod dohľadom finančného výboru (CBC, MBC) na úrovni pridelených prostriedkov v predchádzajúcom roku. Tento režim môže trvať šesť mesiacov, a až po ich uplynutí NAC musí rozhodnúť, či schváli rozpočet alebo povolí pokračovanie dočasného financovania. Toto núdzové opatrenie, aj keď nastáva ojedinele, posilňuje princíp kolektívnej medzivládnej kontroly výdavkov. Po schválení rozpočtu má vedúci orgánu NATO voľnosť v jeho napĺňaní. Musí však zachovať záväzky na použitie výdavkov na stanovené účely. Voľnosť limitujú úrovne predpísaných obmedzení finančných predpisov. Týkajú sa takých záležitostí, ako je obmedzenie zdrojov, kontrakt na plný medzinárodný tender na dodávku potravín a služieb alebo presuny úverov na prečerpané alebo nedočerpané financovanie požiadaviek. Voľné kompetencie na realizáciu rozpočtu môžu ďalej limitovať čiastkové obmedzenia pred žiadaním súhlasu na záväzky a výdavky. Tie môže uvaliť finančný výbor na zabezpečenie prísneho použitia nových postupov alebo sa využívajú na monitorovanie realizácie komplexu iniciatív na organizačnú reštrukturalizáciu. Ak musia byť rozpočtové úvery viazané na rozšírenie oprávnení aktuálnych požiadaviek v priebehu finančného roka, je zrušenie záväzkov na výdavky povolené v priebehu dvoch nasledujúcich finančných rokov. Finančný manažment organizačného rozpočtovania sa odlišuje od manažmentu používaného pre program bezpečnostných investícií. Realizácia NSIP sa začala súčasne s prijatím balíkov schopností (CP). Po ich schválení môže začať povoľovanie individuálnych projektov v zodpovednosti výboru pre infraštruktúru. Hostiteľská krajina (krajina, v ktorej sa bude projekt realizovať) pripraví požiadavku na odsúhlasenie, ktorá obsahuje technické riešenie, náklady, špecifikáciu a vhodnosť na spoločné financovanie a na základe toho bude nasledovať ponukový proces. Ak chce krajina splniť predpísané postupy ponukového procesu inak než predpisuje medzinárodná ponuková súťaž, musí požiadať o výnimku prostredníctvom výboru pre infraštruktúru. Po odsúhlasení projektu môže hostiteľská krajina pristúpiť k jeho realizácii. Systém finančného manažmentu NSIP je založený na medzinárodných finančných clearingových procesoch. Hostiteľská krajina nahlasuje očakávané náklady na projekt vo svojej zodpovednosti. Ak sú náklady odlišné od príspevku do rozpočtu, tak sa v rámci medzinárodného finančného clearingu tieto nezrovnalosti vyrovnávajú priamymi prevodmi financií medzi členskými krajinami.