Aj skutočnosťou, že im predsedá generálny tajomník NATO, čo je vždy civilná osoba, aliancia zvýrazňuje, že obrovská moderná vojenská sila je pod prísnou kontrolou civilných politických predstaviteľov.
Spomenuté hlavné konzultačné a rozhodovacie fóra aliancie sú podporované štruktúrou niekoľkých desiatok špecializovaných výborov.
V štruktúre politických orgánov aliancie má významné miesto funkcia generálneho tajomníka NATO. Aj ona vznikla na základe rozhodnutia Severoatlantickej rady vo februári 1952. pôvodne mal vykonávateľ tejto funkcie stáť na čele administratívneho a správneho aparátu, ktorý ako celok tvoril medzinárodný sekretariát. Hlavnou úlohou bola koordinácia zasadnutia jednotlivých orgánov aliancie a do istej miery aj príprava ich rokovacích programov. Navrhovaný kandidát do tejto funkcie býva spravidla skúsená politická osobnosť (doteraz to ponajviac boli ministri zahraničných vecí a obrany), ktorá musí ovládať obidva oficiálne jazyky NATO – angličtinu a francúzštinu. Pred oficiálnym vymenovaním jednotlivé členské štáty k navrhovanej kandidatúre vyjadrujú svoje stanovisko.
Generálny tajomník plní dve funkcie. Po prvé ako predseda riadi Severoatlantickú radu(vrátane “Stálej rady“), Výbor pre obranné plánovanie a Skupinu pre jadrové plánovanie. Po druhé, riadi Medzinárodný štáb, civilný úrad s viac ako tisíckou zamestnancov.
Funkčné obdobie generálneho tajomníka nie je obmedzené. Doteraz ju zastával niekdajší minister zahraničných vecí Holandska Joseph Luns (1. 10. 1971 – 24. 6. 1984). Prvým držiteľom tohto postu bol lord Lionel Ismay vymenovaný 12. marce 1952. V britskej vláde zastával funkciu štátneho tajomníka na ministerstve zahraničných vecí a bol poverený stykom s Britským spoločenstvom národov. Venoval sa nielen politike, ale mal za sebou celkom úspešnú vojenskú kariéru. Dosiahol hodnosť generála a v rokoch druhej svetovej vojny vykonával na ministerstve obrany v Londýne funkciu náčelníka štábu. Lord Ismay bol hodnotený vždy ako dobrý organizátor, a preto jeho osobnosť dávala v tom čase nádej, že uplatní svoje vedomosti nielen pri budovaní civilnej štruktúry, ale aj vojenskej organizácie, ktorá v tom čase mala prednosť.
Generálny tajomník má na svoju činnosť k dispozícii nielen stále výbory a komisie aliancie , ale veľmi zaužívanou praxou je vytváranie tzv. komisií ad hoc podľa jeho pokynov. Môže ich byť viac alebo iba jedna. Tieto komisie sústredene sledujú situáciu v danej oblasti alebo v danej krajine. Sústavne ju vyhodnocujú, závery predkladajú generálnemu tajomníkovi a predsedovi vojenského výboru NATO. Prostredníctvom členov „Stálej rady“ sa potom dostávajú k vládam členských štátov a sú k dispozícií aj hlavným veliteľom vojsk zväzku. Komisie bývajú spravidla zložené z odborníkov na politickú, vojenskú problematiku na spravodajské otázky a kontrašpionáž.