Preto do značnej miery jeho rozhodnutia prispievajú k celkovému ovblyvňovaniu politickej línie NATO.
Výkonným orgánom Vojenského výboru NATO je Medzinárodný vojenský štáb. Jeho hlavnou úlohou je zabezpečovať a kontrolovať plnenie smerníc, ktoré vypracoval Vojenský výbor. Podieľa sa aj na vypracovaní štúdií a návrhov na zlepšenie organizácie a prípravy zbrojených síl bloku. Tieto odporúčania predkladá potom predseda Vojenského výboru najvyšším polotickým a vojenským orgánom spojeneckého zväzku. Na čele Medzinárodného vojenského štábu je vojak v hodnosti na úrovni zborového generála (zodpovedá hodnosti generálplukovník ASR). Na návrho členských štátov ho do funkcie menuje Vojenský výbor. Môže byť z ktorejkoľvek krajiny NATO, ktorá sa zúčastňuje vojenskej činnosti aliancie. Nesmie však byť rovnakej národnosti ako predseda Vojenského výboru. Štáb má k dispozícii početný okruh vojenských a civilných zamestnancov.
Organickou súčasťou vojenskej štruktúry NATO sú základné spojenecké veliteľstvá, ktoré z vojenského hľadiska pokrývajú celú geografickú zónu Severoatlantickej aliancie. Majú veľmi rozdielny charakter nielen územnou rozlohou, ale aj pokiaľ ide o rozloženie jednotlivých druhov vojsk. Kým v období studenej vojny existovali tri takéto základné veliteľstvá (Európa, Atlantik a prieplav LA Manche), nové podmienky v Európe prispeli k tomu, že tento počet sa redukoval iba na dve – Európa a Atlantik. V tejto súvislosti došlo potom aj k mnohým zmenám na im podriadených jednotlivých veliteľstvách, ako aj k početnému zníženiu veliteľských a štábnych funkcií, a tým k celkovému poklesu počtu osôb v týchto štruktúrach.
Veliteľstvá, do operačných podriadeností ktorých patria ozbrojené sily jednotlivých členských štátov, pravidelne organizujú veľké cvičenia buď za účasti všetkých druhov vojsk (pozemné sily, letectvo a námorníctvo), alebo iba jedného druhu vojsk. V posledných rokoch studenej vojny sa uprednostňovali cvičenia za účasti a nasadzovania techniky všetkých druhov vojsk. Takéto cvičenia sa označovali tiež ako „reálne“ a prebiehali obyčajne na územiach niekoľkých štátov NATO. Okrem toho sú pravidelne organizované veliteľsko-štábne cvičenia, ktorých cieľom je zladiť činnosť štábov a zdokonaliť velenie vojskám.
Podľa prijatých zásad zostávajú ozbrojené sily jednotlivých členských štátov NATO v čase mieru pod ich národným velením. Tak isto sú samostatné v oblasti organizácie bojovej prípravy a logistického zabezpečenia. Časť ozbrojených síl členských štátov, ktoré sa podieľajú na činnosti integrovanej vojenskej štruktúry aliancie, je však už v čase mieru vyčlenená pod medzinárodné operačné velenie aliancie.