Primitívne vyzbrojení vzbúrenci neboli však schopní vzdorovať vojenskej presile. Chýbalo im jednotné velenie, zväčša len v jednej dedine alebo len v niekoľkých dedinách. Povstalci sa domnievali, že stačí, ak sa zbavia bezprostredných utláčateľov. Všetky tieto okolnosti pomohli šľachte povstanie obmedziť a nakoniec celkom potlačiť.
Na povstaleckom území zavládol po potlačení povstania krutý teror.
Do 8. Novembra, keď panovník vydal zákaz ďalšieho trestania smrťou, popravili na šibenici 119 povstalcov. Tento počet popravených je neúmerný. Vysoko presahuje počet obetí povstania, ktorých bolo 24. Približne 4 000 poddaných, medzi nimi aj viaceré ženy a deti, odsúdili k telesným trestom hlavne palicovaním (i nad 80 palíc). Okrem toho museli poddaní z povstaleckých obcí uhradiť pánom všetky škody a vydržiavať trestné oddiely.
Povstanie bolo kruto potrestané, ale nespokojnosť s poddanskými povinnosťami pretrvávali naďalej čo bolo príčinou napätia medzi roľníkmi a feudálnou vrchnosťou.
Východoslovenské roľnícke povstanie ukázalo pevnú vôľu ľudu skoncovať s feudálnym útlakom. To pochopili aj niektorí predstavitelia strednej šľachty, ktorí namiesto zastaraného hospodárenia chceli sami účinne podnikať kapitalistickým spôsobom. Lež nový spoločenský poriadok sa rodil veľmi pomaly.