Ruka v ruke s tým vznikal moderný absolutistický štát s centralizovanou a výkonnou byrokraciou.

Územia dnešného Slovenska sa vojna dotkla najmä vďaka stavovským povstaniam sedmohradských kniežat Gabriela Bethlena a Juraja Rákocziho I., ktorí sa so striedavým úspechom zapájali do koalícií proti Habsburgovcom.

Horšie skončilo susedné Česko, ktoré bolo jedným z hlavných bojísk vojny a po jej konci patrilo medzi najzničenejšie krajiny. Na Čechov po potlačení ich povstania najtvrdšie dopadla habsburská odplata, symbolizovaná popravou 27 českých pánov v Prahe na Staromestskom námestí. Dôsledkom porážky bola aj emigrácia veľkej časti starej českej šľachty a vzdelaných vrstiev (najznámejším bol Ján Ámos Komenský) a násilná rekatolizácia krajiny.

Rokovania o mieri, ktorý by skončil neúnosné vojnové pustošenie, sa konali v mestách Münster a Osnabrück od roku 1644. O ich úspechu nakoniec rozhodla vyčerpanosť bojujúcich strán, všeobecná nespokojnosť a víťazstvo švédskych vojsk v Nemecku a v Čechách.

Mierové dohody boli v daných pomeroch celkom rozumným kompromisom, ktorý na určitý čas zabezpečil rovnováhu síl v Európe.

Priniesli však aj niekoľko dôležitých zmien. Potvrdili postavenie Francúzska a ríše rakúskych Habsburgovcov ako dvoch hlavných mocností kontinentálnej Európy. Súperenie týchto dvoch štátov určovalo ďalších sto rokov európsky vývoj. Treťou veľmocou sa na niekoľko desaťročí stalo Švédsko, ktoré ovládlo Baltské more a územia na severe Nemecka a Poľska. Súčasťou zmlúv bolo definitívne uznanie nezávislosti Holandska a Švajčiarska.

Habsburgovci posilnili moc vo väčšine svojho súštátia, kde potlačili stavovský odpor a odstredivé tendencie. Ich vplyv v nemeckej ríši, naopak, oslabol. Mier im síce potvrdil cisársku korunu, ich moc sa však stala v mnohých ohľadoch formálnou a jej výkon závisel od ríšskeho snemu.

Rôzne nemecké štátiky sa stali fakticky nezávislými štátmi, mali vlastnú menu a armády.

Náboženské pomery v nemeckej ríši boli ustanovené podľa skoršieho augsburského náboženského mieru, podľa princípu „koho zem, toho viera“. Toto usporiadanie vydržalo až do napoleonských vojen.

Z hľadiska slovenskej histórie bolo najpodstatnejšie, že sa mocenské centrum a záujmy Habsburgovcov stále väčšmi presúvali smerom na Východ, a to im umožnilo koncentrovať sily na vyhnanie Turkov z Uhorska.