Pozornosť obrátil na rád templárov, ktorí boli veľmi bohatí. Obvinil ich zo zločinov, templári boli fyzicky zlikvidovaní, ich majetok bol zabratý. Rád bol roku 1312 zrušený. Filip IV. vyvlastnil majetok cirkvi, dostal sa do sporu s pápežom Bonifácom VIII. Pápeži boli presídlení do Avignonu- avignonské zajatie pápežov (1309-1378). V roku 1378 začína cirkevný rozkol- schizma. Po smrti pápeža Gregora XI., bol zvolený za pápeža v Ríme Urban VI. Francúzski kardináli zvolili Klimenta VII., ktorý sídlil v Avignone. Na koncile v Pise roku 1409, ktorý zvolali s cieľom ukončiť schizmu v katolíckej cirkvi, vyhlásili Gregora XII. a Benedikta XIII. za zosadených. Za nového pápeža zvolili Alexandra V. Pokus odstrániť schizmu zosadením dvoch súperiacich pápežov a voľbou nového pápeža sa nakoniec skončil úplným neúspechom. Dvaja dovtedajší pápeži svoje zosadenie neuznali, a tak výsledkom bolo vlastne nastolenie trojpápežstva: jeden bol v Pise, druhý v Ríme a tretí v Avignone. 31. októbra 1517 v severonemeckom meste Wittenberg pribil nemecký augustiniánsky mních Martin Luther na kostolnú bránu listinu s 95 bodmi (tézami). V týchto bodoch Luther kritizoval niektoré nešváry v Cirkvi a žiadal nápravu. Protestoval najmä proti predaju odpustkov a majetku v rukách Cirkvi. Vzniklo tak hnutie, ktoré nazývame reformácia a viedlo k vzniku protestantizmu a následnému založeniu evanjelickej a reformovanej Cirkvi (protestantská sa volá aj luteránska). Onedlho sa sformovala protireformácia, čiže hnutie bojujúce proti reformácii. Medzi protestantmi a katolíkmi vypukli náboženské vojny, ktoré na oboch stranách spôsobili veľa utrpenia. Najväčšou náboženskou vojnou bola tridsaťročná vojna (1618-1648). Pôvodne sa začala ako boj medzi katolíkmi a protestantmi v Nemecku (katolícka liga proti protestantskej únii). Neskôr prerástla do vojny medzi rakúskym panovníckym rodom Habsburgovcov a francúzskymi kráľmi, ktorí bojovali o moc a nové územia. Protestanti vojnu vyhrali a roku 1648 bol uzavretý Westfálsky mier. Na Tridentskom koncile (1545-1563) boli prijaté opatrenia proti šíreniu reformácie. Tým sa upevnila jednota katolíckej Cirkvi a vytvorili sa predpoklady pre účinkovanie niektorých reholí- hlavne jezuitov. Zakladateľ tohto rádu sv. Ignác z Loyoly- španielsky šľachtic, ťažko zranený v armáde, vyštuduje teológiu. V roku 1534 zakladá spolok Tovarišstvo Ježišovo, namierený proti reformácii. Pápež Pavol III. osobitnou bulou schválil stanovy jezuitského rádu (1540). Sv. Ignác sa stáva generálom rádu, ktorý bol organizovaný po vojensky.