Manželia menovali prvých dvoch inkvizítorov, dominikánov Michaela Morilla a Juana de S. Martin. Činnosť mali vymedzenú pre mesto a diecézu Sevillu. Všetci čo boli len podozrivý z kacírstva boli bez milosti odsúdený a upálený. Do Ríma prišla rada protestov. Sixtus IV. dal najavo kráľovským manželom svoju nevôľu. S ohľadom na kráľa síce oboch dominikánov ponechal v ich úrade, chcel však, aby v budúcnosti inkvizičné súdy riadili spolu s miestnymi biskupmi. Ďalším krokom španielskej inkvizície bolo menovanie generálneho inkvizítora. Stal sa ním predstavený dominikánskeho konventu Santa Cruz Tomas Torquemad, ktorého právomoc sa vzťahovala na celé územie oboch panovníkov. Bol priamym zástupcom pápeža, menoval ho kráľ a cirkevné právomoci dostal od pápeža. Španielska inkvizícia bola ustanovená ako spoločný svetský súd.

Tento tvrdý súdny tribunál, ktorého španielsky názov je Suprémo Tribunal de la Santa Inquisicion je spojením trónu a oltáru. Suprema ako sa skrátene tribunál nazýval, bola už od svojho počiatku veľmi obávaná, pretože pred jej mocou nebol nikto chránení. A to nielen v Európe, ale aj v novo objavenej Amerike. Suprema sa vymykala priamemu vplyvu kurie rímskej a neskôr, v mnohých smeroch i z moci španielskych kráľov. Inkvizičné metódy neboli bez výhrad prímané ani španielskym duchovenstvom, ktoré bolo hneď po nových kresťanoch najviac ohrozované. Verejné upaľovania, španielsky „auto da fé“ sa stali odstrašujúcim historickým pojmom. No v tej dobe boli verejné upaľovanie obľúbeným a strašidelným divadlom, kam si ženy brávali najlepší spoločenský odev a vôbec neomdlievali. 3.2. Ximens a Torquemada alebo údel Židov a Maurov

V roku 1492 keď kráľovský manželia vynaložili značné množstvo peňazí na dobytie Granady, podľa svojich zvyklostí sa chceli obrátiť na židovské obyvateľstvo, aby im poskytlo 30 tisíc dukátov. Rozhnevaný Torqemada vraj predstúpil pred kráľa s krížom v ruke a vykríkol: „Judáš predal svojho pána za 30 strieborných, vaša Výsosť po druhý raz chcete za 30 tisíc predať Pána“. Tento výrok pomohol kráľovi spamätať sa. Uvedomil si, že ak vypovie z krajiny všetkých Židov, ktorí odmietnu prijať krst získa omnoho viac. Jedna časť židovského obyvateľstva volila cestu emigrácie. Za predaný dom získali napr. osla a za vinicu prestieradlo. Utekajúcich Židov na cestách prepadávali lupiči, aby im vzali ešte aj to čo sa im podarilo zo svojho majetku zachrániť. Iba hŕstke sa podarilo újsť. Usádzali sa v tolerantnejších častiach Európy, napríklad v Holandsku.