Po jeho smrti naplno vybuchla nenávisť voči nemu a rozzúrený dav zničil palác inkvizície, oslobodil väzňov a jeho sochu na kapitole zhodil a potupil. 4.2. Tridentský koncil
Bol to Pavol III, na ktorého bedrá spadla povinnosť uskutočniť koncil ktorý požadoval aj sám cisár Ferdinad I, španielsky kráľ Karol V a Francúzi. V roku 1560 vydal Pius IV. bulu, ktorou zvolával všetko kresťanstvo do Tridentu. Koncil nemal byť ovplyvnený požiadavkami žiadneho zo svetských panovníkov a nemal byť z ich vôle zvolaný. Trident mal výhodnú polohu umožňujúcu takmer rovnomernú cestu všetkým legátom, a naviac bol dostatočne vzdialený od Ríma. Pápež sám koncil neviedol, aby dal čo najviac najavo, že ani svoju prítomnosťou nechce koncil ovplyvniť.

Riadením poveril piatich kardinálov. Dva roky trvali jednania koncilu. Jeho stabilitu neudržiavali kardináli - legáti, ale pápež a kúria zo vzdialeného Ríma. Cisár Ferdinand tu mal troch zástupcov: bol to barón Žigmund Thun, arcibiskup pražský a biskupa Peťkostolecký. Markíz Pescara zastupoval Španielskeho kráľa. Ďalej tu boli zástupcovia kráľa francúzskeho, Portugalska, Poľska, Benátok, Florencie a katolíckych Švajčiarskych kantónov. Od začiatku dostal koncil od pápeža zvláštnu ochranu a imunitu, verejne bola zaručená sloboda prejavu. Ferdinand I. predložil prostredníctvom svojich orátorov kardinálom svoju Reforationslibell. Dielo, ktoré sa skladalo zo štyroch častí, v ktorých požadoval predovšetkým nápravu cirkvi, prímanie pod obojím a povolenie kňazského manželstva. Tretia časť hľadala spôsob, ako by mala byť reforma prevedená. V štvrtej časti pojednával o tom, že cirkvi by mala zostať len starosť o dušu. Reforma vzbudila veľké pobúrenie, čo príchod Francúzov skomplikoval ešte viac, pretože ich požiadavky sa v mnoho zhodovali s Ferdinadovými. Pius menoval predsedom koncilu kardinála Moroneho, od ktorého chcel, aby vyviedol jednania zo slepej uličky. A kardinál to dokázal.

V roku 1563 predložil 41 bodov novej reformy, ktorá bola celkom iná ako dovtedajšie predstavy. Návrh smeroval predovšetkým k vnútornej obnove cirkvi, venoval sa postaveniu svetského, rádového kňažstva a pravidelnej vizitácii diecéz. Reforma bola rozšírená o ustanovenie diecéz pri uzavretí manželstva. Nakoniec bola Moroneho reforma doplnená a prijatá. Tridentium tak vytvorilo novodobú cirkev rímsku. Pius sa usiloval, aby koncil uznali v katolíckych krajinách. Vydal bulu Dominici gregis, koncilový index zakázaných kníh.