Trvala 5 rokov a za ten čas sa Pizarro mohol pripravovať na dobytie ríše. Atahualpa zabil Huáskara.
Potom poslal do Cuzca svojich generálov, ktorí pozabíjali všetkých Huáskarových prívržencov a príbuzných a pripravili mesto na Atahualpov príchod. V tom čase 13.mája 1532 sa v Túmhese na čele malej armády vylodil Francisco Pizarro. Kráľa zastihla zvesť o príchode Španielov v Cajamarke.
Z kipu sa dal vyčítať presný počet mužov a zvierat (mysleli si, že jazdec je s koňom zrastený).Inka bol o belochoch zle informovaný. Spočiatku si myslel, že to prišli sami bohovia, aby ho sprevádzali do Cuzca. Dopočul sa však o postupe Španielov i o znásilnení slnečných panien v Caxase a vedel, že to nie sú bohovia. Nemyslel si, že by nepriateľ mohol dostať posilu po mori. Preto mal len jednoduchý vojnový plán: vlákať cudzincov do vnútrozemia a uzavrieť ich v jednom z miest.
Príliš ľahkomyseľne prijal pozvanie Španielov na stretnutie s Franciscom Pizarrom na hlavnom námestí v Cajamarke. Aby sa "predišlo akejkoľvek provokácií", mali prísť jeho bojovníci neozbrojení. 16. novembra 1533 v čase olovrantu knísali sa Inkove nosidlá, sprevádzané ozbrojenou strážou po hlavnom námestí v Cajamarke. Kresťanský kňaz a inkský boh hovorili čosi nezrozumiteľné. Potom výstrel z dela roztrhol rady hnedých tiel a s výkrikom "Santiago a na nich!", vrhli sa Španieli na nešťastného Inka.



Po dobytí krajiny
Španielske kráľovstvo rešpektovalo postavenie a hodnosti inkských panovníkov, potvrdilo ich spoločenské postavenie, uznalo ich privilégiá, ale jezuiti vychovávali ich deti v duchu latinskom, španielskom a v duchu katolicizmu. Jedine obyčajný ľud si zachoval svoje obyčaje, vieru a jazyk. Začiatkom 17.storočia sa celá inkská šľachta asimilovala. Na začiatku španielskej kolonizácie sa Indiáni v podstate zmierili so svojím osudom. Muselo to byť poburujúce zneužívanie, strašné pustošenie a ukrutnosti, ktorých sa dopúšťali bieli, že sa Indiáni proti nim postavili. Vzbury sa pravidelne opakovali až do nezávislosti Peru v roku 1824. Od toho dátumu krajina rozdelená zemepisne i sociálne vstúpilo do ďalšej éry do obdobia, keď bola pod vplyvom vojenského štátu.



Čo nám dnes ostalo z inkskej kultúry?
Šesť až sedem miliónov Indiánov hovorí ešte jazykom Inkov - kečuánčinov.
Andskí Indiáni sú dnes zoskupení v pospolitostiach, ktoré sa veľmi ponášajú na tie pôvodné. Ústavou z roku 1919 štát Peru uznal ich právnu subjektivitu.
Dnešní Indiáni sú najčastejšie katolíkmi, ale naďalej sa vo svojich modlitbách obracajú na starodávne božstvá, alebo im prinášajú obete.