Roku 52 pred n. l. došlo k všeobecnému protirímskemu povstaniu, na čelo ktorého sa postavil vodca galského kmeňa Avernov Vercingetorix. Keď po početných úspechoch jeho vysilené vojská podľahli, vydal sám seba do rúk Rimanov, aby zachránil ostatných. Márne sa však spoliehal na Caesarovu veľkodušnosť. Uvrhol ho do pút, odviedol do Ríma a po triumfe roku 46 pred n. l. ho dal popraviť.

Zatiaľ čo Caesar viedol vojnu v Galii, pomery v Ríme sa vyvíjali v neprospech triumvirov. Caesarov prívrženec Publius Clodius vytváral ozbrojené tlupy, zložené z proletárov a otrokov a s ich pomocou presadzoval svoje požiadavky. Keď potom to isté začal robiť aj prívrženec senátu Titus Annius Milo, rímske ulice sa začali meniť na bojisko. Preto Caesar roku 56 pred n. l. zvolal schôdzu triumvirov do mesta Luky v Etrúrii a dohodol sa s nimi na patričných opatreniach. Sám chcel ostať v Galii, Pompeius a Crassus sa mali dať zvoliť za konzulov a urobiť v Ríme poriadok, po zložení úradu sa mal Pompeius ujať správy v Hispánii a Crassus východných provincií. Za Pompeiovho a Cassovho konzulátu roku 55 pred n. l. sa zostrila situácia na východe a Crassus sa rozhodol zaútočiť na Partov. Starnúci muž (*115pred n. l.) prepokladal, že vojna bude ľahká a krátka. Roku 54 pred n. l. vpadol do Mezopotámie, ale o rok nato sa jeho vojsko dostalo na vyprahnutú púšť do obkľúčenia pri Karrách. Crassus stratil 4000 mužov, medzi nimi aj syna a vzdal sa. Pri rokovaní o mieri ho Partovia zavraždili. Jeho hlavu priniesli kráľovi Orodovi II. práve pri predstavení Euripidových Bakchantiek. Odovzdali ju hercovi a ten ju potom namiesto hlavy mýtického Pentea ukázal publiku.

Po smrti Crassa triumvirát zanikol. Moc sa mala rozdeliť medzi dvoch mužov. Dalo sa predpokladať, že sa rozdelia rovným dielom. Pompeius však využil svoju prítomnosť v Ríme, aby získal aj Caesarov podiel. Milovi ozbrojenci zabili Publia Clodia. Roku 52 pred n. l. ho senát vymenoval za "konzula bez kolegu" - a hlavne bez Caesarovho vedomia. Keď sa Caesar dozvedel, že Pompeius nebráni prenasledovaniu jeho prívržencov, vzťah medzi nimi sa zostril. V tom čase zomrela aj Pompeiova manželka Julia, Caesarova dcéra, a tým sa uvoľnilo aj posledné puto, ktoré ich k sebe viazalo. Roku 51 pred n. l. sa Pompeius pridal k požiadavke senátorov, aby Caesara zbavili moci a velenia nad vojskom v Galii. Caesar požiadal senát, aby mu boli ponechané aspoň 2 légie na obranu Predalpskej Galie a Ilýrie. Pompeius a senát však trvali na svojom. Caesar sa nechcel vzdať vojska, preto vyhlásil, že rozpustí svoje vojsko, ak tak urobí aj Pompeius. Ten návrh odmietol a prinútil senát, aby Caesara zbavil vojsk.

Úsilie jeho prívržencov, aby Caesara nenútili k jednostranným ústupkom, vyšlo na prázdno. Veto tribúnov ľudu Marca Antonia a Quinta Cassia proti tomuto uzneseniu vyšlo naprázdno a tribúni pred Pompeiom utiekli k Caesarovi do Predalpskej Galie. Pri riečke Rubikon, tvoriacej hranicu medzi Predalpskou Galiou a Itáliou stál kameň so zákonom, podľa ktorého sa preklína a vyhlasuje za bohorúhača a otcovraha každý, kto by ju s armádou, légiou alebo kohortou prekročil smerom na Rím. 10. januára 49 pred n. l. pred ňou stál Caesar s vojskom a vraj povedal "Ešte teraz sa môžme vrátiť. Ak prejdeme most, budeme si musieť všetko vymáhať zbraňou!" Vtom sa z diaľky ozval hlas trúbky volajúci do útoku :"Nuž teda poďme, kocky sú hodené!"
Prekročením Rubikonu začal občiansku vojnu. Jeho nepriateľom bol bývalý priateľ Pompeius. Formálne motivoval ľud na pomstu za potupu tribúnov, fakticky mu šlo o zvrhnutie Pompeia, aby mohol zaujať jeho miesto. Pompeius sa ale od prekvapenia nezmohol na odpor. Je pravda, že väčšinu vojsk mal v Hispánii, ale Caesar tiahol na Rím s jednou légiou. Za necelý týždeň sa s ňou dostal pred brány Ríma, Pompeius ušiel s väčšinou senátorov do Brindisi a odtiaľ do Grécka. Zabudol na Fore aj štátnu pokladnicu. 17. januára 49 pred n. l. vsúpil Caesar bez boja do Ríma. Vybral sa do Hispánie, kde zničil Pompeiovo vojsko.

Ľudové zhromaždenie ho zvolilo za diktátora. Na jedenásty deň sa vzdal titulu diktátora a prijal titul konzula. Pompeius postavil silnú armádu a vedomý si svojej sily nebránil Caesarovi vylodiť sa v Grécku. Prvá bitka pri Dyrrachhiu v Epeire jeho sebadôveru posilnila. Caesar urobil veľa chýb a prehral. Pompeius si ho prestal všímať a odmeňoval svojich prívržencov úradmi v ríši - Caesar sa zatiľ spamätal a v bitke pri Farsale v Tesálií s menším vojskom Pompeia porazil. Pompeius ušiel na ostrov Lesbos a odtiaľ do Egypta, aby požiadal o pomoc Ptolemaia XIII.. Ten ho dal zavraždiť a jeho hlavu poslal Caesarovi - ten ho za to poctil svojou návštevou. Dodnes stojí v Alexandrii 30-metrový korintský stĺp strážený sfingami, kde dal Caesar uložiť Pompeiove telesné pozostatky. Rad Pompeiových prívržencov ušiel do Farsala do Afriky a do Hispánie. Caesar zosadil Ptolemaia XIII. z trónu, lebo sa miešal do rímskych vecí a dosadil Kleopatru VII. a jej druhého brata. Zosadený Ptolemaios XIII. sa pokúsil Caesara i obidvoch svojich nástupcov otráviť. Keď sa mu to nepodarilo, vzbúril alexandrijský ľud. Vzbura sa zmenila na "alexandrijskú vojnu" a Caesar musel dať spáliť svoje loďstvo, aby nepadlo do rúk povstalcov. Pri tejto príležitosti zhorela slávna alexandrijská knižnica so státisícami rukopisov a poškodil sa maják na ostrove Faros. Caesar zvíťazil a pripravil pôdu pre neskoršiu premenu Egypta na rímsku provinciu. Tak si získal Kleopatrinu vďačnosť a strávili spolu 9 mesiacov a zaslúžili sa tak o potomka na tróne, ktorý dostal Caesarovo meno.