Krídla kláštornej budovy sa nachádzali po oboch stranách kostola. Západné krídlo v roku 1942 zbúrali a na jeho mieste postavili budovu dievčenského gymnázia. Katedrálny chrám sv. Jána Krstiteľa – univerzitný
Katedrálny chrám je prvou monumentálnou štýlovo a slohovo čistou sakrálnou stavbou ranného baroka u nás. Svojou umeleckou hodnotou presahuje hranice Slovenska. Tvoril súčasť komplexu univerzitných budov. Chrám postavili trnavskí jezuiti na základoch zbúraného stredovekého kostola a kláštora dominikánov. Donátor kostola, palatín Mikuláš Esterházi, zveril výstavbu kostola talianskym majstrom architektom Antóniovi a Pietrovi Spazzovi v roku 1629. Kostol je jednoloďový s rovným uzáverom svätyne. Hlavný priestor zaklenujú valené klenby s lunetami, v kaplnkách, po oboch stranách lode sú krížové klenby. Vzácnosťou celého interiéru je hlavný mohutný drevený oltár z roku 1640 od B. Knillinga a V. Stadlera. Maliarska a štukatérska výzdoba interiéru kostola je dielom významných talianskych umelcov G.B. Rossa, G.Torniniho a P. Contiho. Časť stropných malieb je od viedenského maliara J.Grubera z obdobia okolo roku 1700. Pod chrámom sú krypty. Vchod zo svätyne krypty zakrýva veľká mramorová tabuľa s textom z roku 1700. Kostol plnil nielen duchovné poslanie, uskutočňovali sa tu aj významné teologické rozpravy, promócie.



Budovy Trnavskej Univerzity
V úzkej nadväznosti na kostol vybudovali jezuiti svoje kolégium, gymnázium a univerzitu. Najbližšie k univerzitnému kostolu bol konvikt pre chudobných študentov založený v roku 1619. Vedľa Adalbertína stál konvikt tzv. červených klerikov, postavený v rokoch 1666-1710. Konvikt červených klerikov a seminár Panny Márie boli v roku 1914 radikálne prestavané pre potreby gymnázia, takže vlastne z nich zostali iba portály. Šľachtický konvikt bol postavený v rokoch 1747 – 1754. Je to nárožná štvorpodlažná dvojtraktová pompézna budova. Manzardová strecha zakrýva hmotu centrálnej kaplnky s kupolou s cennými maľbami. Na náprotivnom nároží je seminár sv. Štefana z roku 1724. Jeho projekt sa pripisuje okruhu viedenského architekta J.L. Hildebranda. V roku 1769 bola Trnavská univerzita doplnená štvrtou , medicínskou fakultou pre ktorú postavil v rokoch 1770 – 1772 účelovú budovu staviteľ J. Hausmann. Budovy Trnavskej Univerzity
V úzkej nadväznosti na kostol vybudovali jezuiti svoje kolégium, gymnázium a univerzitu. Najbližšie k univerzitnému kostolu bol konvikt pre chudobných študentov založený v roku 1619. Vedľa Adalbertína stál konvikt tzv. červených klerikov, postavený v rokoch 1666-1710.