Milan Rastislav Štefánik sa narodil 21. júla 1880 v Košariskách (od r. 1870 patrili Košariská ako osada do Brezovej pod Bradlom) v rodine ev. farára Pavla Štefánika. Narodil sa ako šieste dieťa. Po ňom ešte prišli na svet ďalší šiesti súrodenci. Deväť detí sa rodičom podarilo vychovať do dospelosti, čo samozrejme pri plate ev. farára na chudobnej fare a takej početnej rodine nebolo ľahké. A tak Štefánik vyrastal v biednom prostredí a jeho život sa takmer ničím nelíšil od života detí košarištianskych roľníkov, hoci bol synom farára.

Pavel Štefánik však ako vzdelaný človek a oduševnený slovenský národovec mal doma bohatú knižnicu a aj touto cestou sa snažil ovplyvňovať svoje deti. Malý Milan Rastislav bol teda už od detstva obklopovaný slovenskými knihami a časopismi a od detstva vnímal národnostný útlak a nespravodlivosť.

Prvé tri triedy ľudovej školy vychodil v rodnej dedine a učiteľom mu bol slovenský národovec, absolvent slovenského ev. gymnázia v Revúcej Martin Kostelný. Podľa svedectva učiteľa bol Milan Rastislav najlepším žiakom na košarištianskej škole. Otec Pavel sa snažil poskytnúť synovi čo najlepšie vzdelanie, a preto aby mohol Milan Rastislav študovať na strednej škole, musel sa dôkladne naučiť po maďarsky. Preto už ako deväťročný odišiel z domu do Šamorína, aby sa pripravil na strednú školu. Stredoškolské štúdium začal na ev. lýceu v Bratislave, vtedajšom Prešporku. Tu už študovali jeho dvaja bratia – Igor a Pavel.

V tom čase však už bolo lýceum pomaďarčené a z vlasteneckých profesorov tu učil iba Ján Kvačala. Štefánikovimi obľúbenými profesormi boli učiteľ matematiky Ferdinand Hirschmann a triedny profesor Samuel Markusovszky.

Štefánik študoval s výborným prospechom, no po troch rokoch musel odísť so svojím bratom Pavlom do Šopronu a neskôr do Sarvaša, pretože Pavel dosahoval slabý prospech. Milan Rastislav tu naďalej dosahoval výborný prospech, za čo dostal jednorazové Telekiho štipendium a okrem toho tu spoznal aj svoju prvú lásku Emíliu Chovanovú. V Sarvaši nakoniec zmaturoval s vyznamenaním a rozhodol sa odísť študovať do Prahy na techniku odbor stavebné inžinierstvo.

V Prahe pracoval v tom čase spolok Detvan (hlavným činiteľom bol vtedy medik Vavro Šrobár) a Štefánik tu získal aj štipendium od Českoslovanskej jednoty. Hneď na začiatku štúdia začal navštevovať spolu so svojím priateľom Jánom Kraiczom aj spolok ev. akademikov Jeroným a bol tiež členom podporného spolku Radhošť. Štefánik sa tiež stal hlasistom a stúpencom myšlienok učiteľa T. G. Masaryka. V marci 1898 sa Štefánik stal tajomníkom Detvana. Potom v roku 1900 nastal v jeho živote prelom.

Po prudkej roztržke z otcom počas prázdnin, otec vyhnal mladého Štefánika z domu. Ten sa uchýlil u svojho priateľa Vavra Šrobára v Ružomberku. Na jeseň sa potom vrátil späť do Prahy a odišiel z techniky. Dal sa zapísať na univerzitu, odbor astronómia, ktorý sa vtedy študoval na filozofickej fakulte a napriek začínajúcim problémom so žalúdkom sa pustil do štúdia. Aj s otcom sa neskôr uzmieril a medzi slovenskými pražskými študentmi si postupne získaval autoritu. Na jeseň roku 1901 sa stal predsedom Detvana. Kvôli nezhodám v radoch spolku však neskôr, hoci nerád, spolu so svojimi priateľmi Jurajom Nerádom a Zigom Zigmundíkom z Detvana vystúpil.

Počas letného semestra roku 1902 odišiel študovať do Zurichu. Nové prostredie naňho pôsobilo veľmi dobre a získal aj nové kontakty. Keď sa potom na jeseň roku 1902 vrátil do Prahy, opäť sa prihlásil za člena Detvana a na valnom zhromaždení ho potom zvolili za predsedu. V roku 1903 začal V. Šrobár opäť vydávať Hlas a rozhodol sa, že ako jeho súčasť bude vydávať aj Umelecký hlas, venovaný literatúre a umeniu. Štefánik mu pri redigovaní Umeleckého hlasu pomáhal.

Bol činný aj ako publicista. Na požiadanie Jana Herbena písal do realistického Času pravidelné pondelkové úvodníky o slovenskej kultúre a politike , ktorých cieľom bolo informovať českú verejnosť o Slovensku. Upozorňoval najmä na postupujúcu maďarizáciu a nabádal českú spoločnosť, aby pomáhala Slovensku konkrétnymi činmi. Ako predseda Detvana odišiel r. 1903 na zjazd medzinárodnej študentskej organizácie Corda Fratres do Palerma.

V lete potom navštívil v Luhačovciach Pavla Blahu a zúčastnil sa aj na otvorení prvej výstavy Grupy uhorskoslovenských maliarov, ktorá bola výsledkom česko-slovenskej kultúrnej spolupráce. Bol veľmi aktívny. Navštevoval aj historika Jaroslava Golla i básnika Jaroslava Vrchlického. Posledný rok na univerzite plne venoval štúdiu. Výsledkom bola dizertačná práca nazvaná Nové hviezdy z doby predtychonovej a Nová Cassiopea. Prácu obhájil, urobil predpísané skúšky a 12. októbra r. 1904 promoval za doktora filozofie.