Organizátor Československej národnej rady:

Štefánikovou novou úlohou, ktorú si sám stanovil bolo vytvorenie jedného riadiaceho centra pre spoločný odboj Čechov a Slovákov a tiež vytvorenie samostatného česko-slovenského vojska a jeho presadenie medzi politikmi. O týchto plánoch informoval aj ministerského predsedu Aristida Brianda a dohodol stretnutie medzi ním a Masarykom. V tom čase Štefánika opäť začala trápiť choroba a musel do nemocnice. Strenutie Masaryka s Briandom bolo úspešné a Briand sa stal prívržencom Masarykovej koncepcie riešenia stredoeurópskej otázky. Štefánik medzitým neustále presadzoval vytvorenie ústredného reprezentatívneho orgánu zahraničného odboja.

Tak vznikla vo februári 1916 Národná rada krajín českých (Conseil national des Pays Tchéques), ktorá sa neskôr premenovala na Československú národnú radu. Jej predsedom bol T. G. Masaryk, podpredsedami J. Durich a M. R. Štefánik a generálnym tajomníkom E. Beneš. Jej sídlo bolo na Rue Bonaparte 18 a hlavnými tlačovými orgánmi boli časopisy La Nation Tchéque a Československá samostatnosť. Súčasne začala rada organizovať česko-slovenské vojsko v zahraničí. Keď sa Štefánikov stav zlepšil, odišiel do Talianska.

Tu ako letec rozhadzoval na talianskom fronte letáky určené najmä pre Čechov a Slovákov a okrem toho chcel získať talianske vojenské a politické kruhy pre česko-slovenskú koncepciu strednej Európy, v ktorej sa počítalo tiež s vytvorením juhoslovanského štátu. Postoj Talianska k juhoslovanskej otázke bol však odmietavý. Po návrate do Paríža sa Štefánik intenzívne venoval otázke ustanovenia samostatného česko-slovenského vojska. Za týmto účelom odcestoval do Ruska.

Dňa 25. augusta 1916 sa dostal v Mogiľove ku Mauriceovi Janinovi, šéfovi francúzskej misie v Rusku. Janin zaviedol Štefánika ku náčelníkovi generálneho štábu Alexejevovi i k cárovi Mikulášovi a podarilo sa mu posilniť postavenie ČSNR vo vojenských kruhoch. Dňa 29. augusta potom podpísali Durich a Štefánik tzv. Kyjevskú dohodu spolu s predstaviteľom amerických Slovákov G. Košíkom, ktorou spoločne uznali ČSNR za vedúci orgán českého a slovenského hnutia v zahraničí.

Francúzske velenie potom poslalo Štefánika do Rumunska, kde sa mu zakrátko podarilo získať 1500 dobrovoľníkov. Začiatkom r. 1917 sa vrátil do Ruska. Po počiatočných komplikáciách s Durichom, ktorý nerešpektoval dohody a mal skôr procársku orientáciu však predsa mala Štefánikova misia v Rusku úspech. Napomohla tomu svojou podporou aj nová dočasná vláda, ktorá vznikla po páde cárizmu a postavenie ČSNR bolo upevnené.

Dňa 2. júna 1917 odplával Štefánik do USA. Prvou úlohou bol nábor dobrovoľníkov, ktorých sa mu napokon podarilo získať 3000. Druhou mala byť konsolidácia krajanov v USA a získanie ich podpory pre ČSNR. Jeho činnosť bola úspešná a politickú aktivitu medzi osobnosťami v Amerike ocenili aj francúzske kruhy a 20. októbra bol Štefánik vyznamenaný krížom dôstojníka Čestnej légie. Po návrate do Paríža sa Štefánik zapojil do diplomatických rokovaní o ustanovení samostatnej česko-slovenskej armády.

Výsledkom bol Dekrét o vytvorení česko-slovenskej armády vo Francúzsku, ktorý vydala francúzska vláda 16. decembra 1917. Podľa tohto dekrétu a neskôr vydaného štatútu sa teda vytvorila samostatná česko-slovenská armáda, ktorá politicky podliehala ČSNR v Paríži. V Paríži sa Štefánik opäť stretol s Janinom. Ten potom so súhlasom francúzskeho velenia prijal funkciu veliteľa vytvárajúceho sa česko-slovenského vojska.(10000 vojakov).