V júni 1420 bola do Čiech poslaná 1.križiacka výprava. Vodcom husitov bol Jan Žižka z Trocnova, drobný zemen z južných Čiech a skúsený bojovník. Pod jeho vedením získavali husiti jedno víťazstvo za druhým. Husiti zostavili svoje požiadavky, Štyri pražské artikuly. Žiadajú v nich slobodné hlásanie Božieho slova, zavedenie prijímania pod obojím, odstránenie svetského panstva z cirkvi a trestanie ťažkých hriechov svetskou mocou. Po 2. križiackej výprave (1422) sa začínajú objavovať rozpory medzi samotnými husitmi, ktorí sa rozdelili na strednú šľachtu a mešťanov (umiernenejší smer) a nízku šľachtu a poddaných (radikálnejší smer). Prvých si na rokovaniach o mieri v Bazileji kúpil rímsky cisár Žigmund. Husitské hnutie nedokázali potlačiť ani tri križiacke výpravy, ktoré v rozpätí júna1426 a augusta 1431 útočili na Čechy. Hnutie potlačila až bratovražedná bitka pri Lipanoch (30. mája 1434), kde zvíťazil umiernenejší smer nad radikálnejšími táboritmi. Českým kráľom sa stal Žigmund Luxemburský (1436–1437). Jeho dedič Albrecht Habsburský (1437–1439) po dvoch rokoch zomrel. Počas nedospelosti Albrechtovho syna Pohrobka bol zemským správcom Juraj Poděbradský z českej kališníckej šľachty.

Ladislav Pohrobok (1453–1457) bol súčasne českým aj uhorským kráľom. Roku 1457 v Prahe náhle zomrel a českým kráľom sa stal Juraj Poděbradský (1458–1471). Juraj od začiatku svojej vlády zveľaďoval kráľovské majetky, zvíšil kráľovské príjmy a zaviedol v českých krajinách poriadok. Napriek pápežovmu nesúhlasu sasnažil vytvoriť celoeurópsku koalíciu proti Turkom. Hoci kráľ Juraj zložil pápežovi tajný sľub poslušnosti, pápež vyhlásil bazilejské kompaktáty (ktorými sa Žigmund v Bazileji kališníkom zaručil dodržiavaním prijímania pod obojím) za neplatné, dal kráľa Juraja do „kliatby“ ako kacíra a vyhlásil proti kališníkom spolok Zelenohorská jednota, ktorej viaceré mestá (moravské, sliezske, lužické) sľúbili pomoc.

Zelenohorská jednota podkopávala celistvosť štátu, najmä keď uhorský kráľ Matej Korvín začal viesť na pápežovu výzvu križiacku vojnu proti Čechám. Vojna sa vliekla niekoľko rokov. Matej Korvín za pomoci nemeského patriciátu zabral Moravu, Sliezsko a Lužice a prijal titul českého kráľa. V bitke pri Vilémove (1469) padol Matej Korvín do zajatia. Zaviazal sa Jurajovi, že nebude útočiť, ale sľub nedodržal. Juraj, aby sa ubránil uhorským vojskám, začal hľadať pomoc v Poľsku. Za pomoc prisľúbil Jagelovcom nástupníctvo na český trón. Pred svojou smrťou dal zvoliť Vladislava Jagelovského za českého kráľa. Zatiaľ čo kališnícka šľachta bola za Vladislava II. Jagelovského, časť katolíckeho panstva a nemecký patriciát ďalej podporovali Mateja Korvína.

Za vlády Vladislava II. (1471–1516) a jeho syna Ľudovíta (1516–1526) panovnícka moc značne upadla. Od roku 1490 sa panovníci zdržiavali v Čechách len zriedka a panovnícku moc prevzala vysoká šľachta. Za Jagelovcov sa šeský štát stal typickou stavovskou feudálnou monarchiou. České panstvo sa zblížilo so strednou šľachtou. České kráľovské mestá nemali oporu v slabej vláde Jagelovcov. Za husitského hnutia si nadobudli rozsiahle panstvá na vidieku.

Mestá boli tiež feudálnou vrchnosťou pre poddané osady patriace mestu. Šľachta sa pokúšala mestám tieto panstvá odobrať. Zabraňovala im kupovať šľachtickú pôdu mimo mestského chotára. Mestá zasa bránili šľachticom v mestách kupovať domy. No najviac sporov vzniklo okolo mestských výsad, pretože šľachtici v poddanských dedinách varili a čapovali pivo a inak porušovali mestské práva. Na snemoch mohli zástupcovia kráľovských miest proti svojvoľnému porušovaniu mestských práv šľachtou len protestovať. Spory meštianstva so šľachtou riešila roku 1517 tzv. Svätováclavská zmluva. Podľa nej sa mestám ponechalo právo zúčastniť sa snemu, zato však šľachta získala práva, ktoré prv patrili len mestám.

Po porážke v bitke pri Moháči český stavovský snem zvolil za českého kráľa rakúskeho vojvodu Ferdinanda I. Habsburského (1526–1564), čím sa územie českého kráľovstva stalo súčasťou vznikajúcej obrovskej ríše v strednej Európe.