1798 poté zamířil do Syrakůs ale o tři dny později se už nachází v Káhiře a úspěšně ji dobívá.
Nelsonovi začínají docházet zásoby potravin a pitné vody a na jeho lodích vypukají kurděje ale na králův příkaz byla Nelsonovi poskytnuta pomoc a on se znovu vydává po stopách Francouze…

… je třicet minut po poledni , posádka právě obědvá… Nelsonova eskadra se plaví východně od Alexandrie podél pobřeží …a právě v této chvíli spatřili hlídky flotilu francouzských řadových lodí, kotvících v abúkirském zálivu.
Napoleon ale se svojí posádkou tehdy nebyl protože drtil mameluky v bitvě pod pyramidami.
Napoleon vydal příkaz, aby se jeho eskadra ukryla v alexandrijském přístavu, protože považoval za vyloučené, že by se Nelson do Alexandrie ještě vrátil, poté, co jej tam nenašel. Jenže admirál Brueys Napoleonův rozkaz neuposlechl a ukryl lodě v Abúkirském zálivu a tam jej Nelson konečně objevil.

Francouzi doufali, že se Angličané zaleknou jejich celkové převahy jak v počtu lodí, tak i námořníků a děl. Jenže se přepočítali. Admirál Nelson příliš dlouho pronásledoval Francouze na to, aby se vzdal bez boje. Francouzi také předpokládali, že potmě nezaútočí. Podcenění jeho nesmírné odvahy přišlo francouzům velmi draho. První salvy se ozvaly ve chvíli, kdy slunce zapadalo za obzor.
Bitva trvala až do rána… Nelson byl raněn ale přesto angličané zvítězili protože v eskadře do jednoho námořníka přesně znali cíle svého velitele…

Napoleon se vydává na východ ale v dalším postupu mu zabraňuje propuknutí morové epidemie. Když se Napoleon dozvěděl, že Francií zmítá politická krize, předává dne 23. 8. 1799 velení a poněkud riskantně se vrací přes středozemní moře zpět do Francie.
Přesto, že osudem pronásledovaná výprava nedosáhla v plné míře očekávaných cílů, Napoleonova pověst tím nijak neutrpěla. .