Podľa gréckej mytológie Tróju založil Dardanov vnuk Trós a jeho syn Ílos. Apolón a Poseidon vybudovali Ílovmu synovi Laomedontovi mestské hradby, neskôr mesto vraj zbúral Herakles a potom bolo znova postavené. Posledný trójsky kráľ bol Priamos. Jeho syn Paris vyvolal únosom spartskej Heleny trójsku vojnu. Vo vojne sa Gréci zmocnili Tróje vďaka triku s trójskym koňom.

V 14. stor. Pred Kr. Bola Trója veľkým rezidenčným mestom s hradom a podhradím. Podľa všetkého bolo aj podhradie opevnene. Hrad bol vystavaný na koncentrických terasách, na ktorých stáli veľké, volnestojace domy. Úplne na vrchole stál pôvodne asi palác, ten sa ale nezachoval, kvôli neskorším stavebným úpravám za doby Alexandra Veľkého. Typická bola siva a béžová leštená na kruhu robená keramika. Popri nej sa objavuje aj jemná maľovaná keramika zdobená v mykénskom štýle.

Trója bola v tomto období významným sídlom miestneho vládcu. O dosahu jeho politickej a ekonomickej moci sa môžeme len domnievať, neznámym zostáva aj zdroj trójskeho bohatstva. Významná bola určite jej geografická poloha medzi Egejským a Čiernym morom, ako aj medzi Európou a Áziou. Trója bola pravdepodobne zapojená do nadregionálneho obchodu s kovmi (meď, cín, zlato), drahými kameňmi, jantárom, s poľnohospodárskymi plodinami, koňmi a vylúčiť sa nedá ani obchod s otrokmi. Trója vtedy stála na pomedzí dvoch svetov: egejského a anatólskeho. Na strane jednej to bol teda svet mykénskych a minojských palácov; na strane druhej prudko sa rozvíjajúca chetitská ríša - práve medzi nimi sa nachádzala Trója geograficky. Z Tróje samotnej žiaľ neexistujú žiadne písomne pramene a mykénske lineárne písmo B obsahuje len údaje hospodárskeho charakteru. Chetitské pramene obsahujú niekoľko zmienok o dvoch mestách Wilusa a Taruisa. Tie boli podľa všetkého situované v severozápadnej Anatólii. Tieto by po istých fonetických posunoch, bežných v lingvistike, bolo možné interpretovať ako Tróju, resp. Ilion, čo bolo jej druhé meno.

Aj keď sa znovuobjavenie Tróje pripisuje nemeckému archeológovi Schliemannovi, prvé pozostatky tohto mesta našiel v roku 1822 Charles McLaren. Heinrich Schliemann odkrýval pozostatky Tróje v rokoch 1870 - 1890. Nanešťastie mnoho predmetov bolo odnesených do Nemecka a pokiaľ sa nedostali do Národného múzea, zmizli v súkromných zbierkach boháčov. Trójske zlato sa nachádza v Puškinovom múzeu v Rusku, kam sa dostalo pravdepodobne po skončení 2. svetovej vojny ako vojnová korisť.