Na conversos sa ukázalo, že náboženské presvedčenie sa nedá odstrániť silou, ale synkrétizmom4 (aj najvyšší inkvizítor Tomas Torquemada a kresťanská mystička Tereza z Ávily boli conversos). Španielskeho právnika, teológa a lekára Michaela Serveta (objaviteľ krvného obehu) väznila inkvizícia. Podarilo sa mu však ujsť k priateľovi Jánovi Kalvínovi do Ženevy. Tento ho dal zatknúť a pred bránami mesta Ženevy r. 1533 pre rúhačstvo upáliť. (Rigoróznosť, s akou bola likvidovaná opozícia u Kalvína, dokazuje ďalších 55 rozsudkov smrti. Okrem toho bola menovaná skupina ľudí, ktorí mali voľný vstup do domu všetkých obyvateľov Ženevy a kontrolovali ich život.) Španielska inkvizícia fungovala až do roku 1826, keď bol upálený 48-ročný učiteľ.

V Portugalsku chýbal „problém Maurov“, avšak bývalo tu veľké množstvo tzv. marranos (zdanlivo konvertovaní Židia). Roku 1530 tvorili 10 % obyvateľstva (100 000 – 150 000). Inkvizícia tu bola zavedená neskôr, v rozmedzí rokov 1536 až 1547, potom však získala rovnaký charakter ako jej španielsky náprotivok. Honba za tzv. novými kresťanmi vyhnala spätne „marranos“ od roku 1580 do Španielska alebo do zámoria, ako napríklad do Brazílie.

Obeťou inkvizície sa stal aj bohatý rád templárov. S myšlienkou ich likvidácie prišiel panovník – francúzsky kráľ Filip IV. Pekný. Jeho kráľovská pokladnica totiž bola prázdna, a tak si našiel spôsob, ako ju naplniť. Potrebnú zámienku mu doniesol r. 1305 denunciant a bývalý člen rádu : obžaloba obsahovala body ako kacírstvo, hanenie kríža, spolčovanie s moslimmi a homosexualita V roku 1307 dal kráľ všetkých templárov v krajine pozatvárať,

čo znamenalo, že v žalári sa ocitlo asi 2000 ľudí. Pápež Klement V.( sídliaci v Avignone) vyzval aj ostatných vladárov k prenasledovaniu templárov. Inkvizičné súdy si vynútili doznanie na veľmajstrovi rádu Jacquesovi de Molay. Mnoho členov rádu zahynulo v temnici,
alebo na mučidlách. Kto odvolal svoje vyznanie pri mučidlách, bol ako „potenciálny recidivista“ ihneď upálený. Koncil vo Viedni (1312) oficiálne zrušil tento rád s tým, že sa členovia rádu dopustili kacírstva a tým rád stratil svoje opodstatnenie. Rádové statky pripadli johanitom, peňažné prostriedky vyplnili medzeru vo financiách Filipa Pekného. Jacques de Molay bol v r. 1314 odsúdený na doživotie. Potom veľmajster verejne odvolal predchádzajúce vynútené priznania a uistil, že rád sa ničím neprevinil. Toho istého dňa ich dal pápež upáliť. Údajne veľmajster vtedy vyriekol kliatbu „do roka a do dňa“ , čo sa nakoniec reálne udialo, lebo presne o rok nato umrel Filip aj pápež. Dva mesiace predtým, než zatkli Jacquesa de Molay, bol na návšteve na Morave.