V januári 1942 sa metódy zdokonalili: na neslávnej konferencii vo Wannsee sa sa diskutovalo o metódach, ako zefektívniť likvidáciu Židov. Tak sa zrodila myšlienka plynových komôr a kremačných pecí v táboroch smrti ako napríklad v Osvienčime, Treblinke a Sobibore, i spôsob transportovania obetí. Počet mŕtvych sa zvýšil, keď oblasti pod nemeckou kontrolou systematicky „očisťovali“ od Židov. Celkový počet obetí ešte nie je istý, ale odhaduje sa, že nacisti poslali do táborov smrti asi šesť miliónov ľudí – približne 60 % židovského obyvateľstva. Niektorí ľudia nežidovského pôvodu sa postavili proti takémuto prenasledovaniu a napriek veľkému riziku pomáhali Židom. Mnohí súcitní susedia ukrývali Židov a iní, ako napríklad švédsky diplomat Raoul Wallenberg, organizovali tajné úteky pred deportáciou. Francúzsky odboj sa pokúšal útočiť na železnice, aby sa zastavili transporty Židov. Väčšina obyvateľstva žijúca v strachu pred nacistickým režimom však neurobila nič, aby zabránila prenasledovaniu Židov alebo ho zastavila.

Sami spojenci počas vojny odmietali uveriť rozsahu či dokonca existencii násilnosti aj napriek tomu, že o nich očití svedkovia informovali britskú i americkú vládu. Prejavom nepochopiteľnej zaslepenosti na strane Spojencov bolo aj odmietanie návrhu bombardovať železničnú trať vedúcu do Osvienčimu. Vtedy sa to považovalo za vedľajší problém a návrh zamietli s odôvodnením, že by na to museli presunúť lietadlá, ktorých hlavnou úlohou bolo bombardovať nemecké mestá. Ohromujúca pravda vyšla najavo až koncom vojny, keď spojenecké armády dobyli tábory smrti.