Narodil sa v Hodoníne, pri dnešných hraniciach medzi Českom a Slovenskom. Jeho otec, Jozef Maszárik, bol Slovák z Kopčian, chudobný kočiš na cisárskom statku. Jeho matka bola Theresia Kopaczek. Podľa niektorých názorov sa Masaryk neskôr snažil skryť nemecký pôvod svojej matky. Detstvo Tomáš prežil na Hodonínsku. Neskôr uviedol, že mu v tomto chudobnom prostredí nikdy nenapadlo, že raz bude niečím iným ako chudobným robotníkom.
Po skončení ľudovej školy v Hodoníne a krátkom štúdiu na strednej škole v Hustopeči sa krátko vyúčal vo Viedni za zámočníka a za kováča. Potom na popud bývalých učiteľov navštevoval gymnázium v Brne a neskôr vo Viedni, kde aj roku 1872 zmaturoval.
Potom študoval filozofiu na Viedenskej univerzite, ktorú absolvoval s doktorátom v roku 1876 (Dizertačná práca: O podstate duše u Platona). Od čias stredoškolských štúdií vo Viedni sa živil súkromným učiteľstvom a vychovávateľstvom. Po ukončení štúdia odišiel v roku 1876 s jedným svojím chovancom do Lipska, aby sa venoval ďalšiemu flozofickému štúdiu (1876-1877). V Lipsku sa zoznámil s americkou študentkou Charlotte (Charlie) Garrigueovou. V roku 1878 sa vzali v New Yorku a Tomáš prijal meno Tomáš Garrigue Masaryk. Z manželstva sa narodilo celkom 6 detí: Alice, Herbert, Jan, Eleanor, Olga a Hana.
Medzitým prijal miesto suplenta klasických jazykov na viedenskom gymnáziu. S Charlie sa teda vrátili do Viedne, kde viedli skromný život. Tomáš však v roku 1879 predložil habilitačnú prácu „Der Selbstmord als soziale Massenerscheinung der Gegenwart“ (Samovražda ako sociálny hromadný zjav súčasnosti), ktorá ho preslávila v univerzitných kruhoch, a na základe ktorej bol vymenovaný za súkromného docenta filozofie na Viedenskej univerzite.
V roku 1882, kedy sa pražská univerzita rozdelila na nemeckú a českú, ponúkla Tomášovi česká univerzita miesto mimoriadneho profesora filozofie, pretože na seba upozornil knihou o hypnóze. Zpočiatku sa venoval najmä organizácii vedeckého života v oblasti filozofie, sociológie a politiky, nadväzujúc na západnú filozofiu. V Prahe sa zapojil do českého politického života a začal študovať českú problematiku. Jeho populárne prednášky na univerzite mu získali veľa mladých stúpencov, medzi iným aj Slovákov študujúcich v Prahe, ktorých tam v tom čase z dôvodu intenzívnej maďarizácie v Uhorsku študovalo pomerne veľa. Slovenskí študenti ako napríklad Vavro Šrobár a Milan Rastislav Štefánik boli združení v spolku Detvan a Masaryk ich primäl k vydávaniu časopisu Hlas (odtiaľ názov hlasisti) a venovaniu sa materiálno-duchovnému pozdvihnutiu Slovákov. Od roku 1897 bol Masaryk riadnyk profesorom Karlovej univerzity.

V roku 1886, v čase sporu o pravosť rukopisov Královedvorského a Zelenohorského (išlo o falzifikáty vyrobené českými nacionalistami) sa Masaryk spolu s filológom Gebauerom v časopise Atheneum, ktorého bol zakladateľom (1884), dôrazne postavili proti ich pravosti, čo mu prinieslo veľa nepriateľov medzi Čechmi a na univerzite. Po dlhom boji skoro s celým národom sa mu podarilo dokázať ich nepravosť. V súvislosti s týmto sporom vznikol aj týždenník Čas, vydávaný Masarykom a jeho priateľmi. Súčasne začal Masaryk politicky vystupovať – verejne vystúpil v mladočeskej strane a v roku 1891 bol zvolený za poslanca ríšskeho snemu i českého zemského snemu. Smer prezentovaný Masarykom a Časom sa stal známy ako politický realizmus (či buržoázny reformizmus), v ktorom išlo o reformovanie klasického liberálneho kapitalizmu pomocou sociálneho zákonodarstva, drobnej osvetovej práce a zmiernenia triednych rozporov. Po dvoch rokoch pôsobenia ako poslanec sa vzdal poslaneckého mandátu, pretože intrigy odporcov, ktorých si získal v boji o rukopisy, neustávali. Nato založil časopis Nová doba a venoval sa vedeckej práci – napísal diela o Husovi, Havlíčkovi, Pascalovi, o českej otázke a o sociálnej otázke. V roku 1893 sa vzdal mandátu poslanca v ríšskom i zemskom sneme kvôli rozporom s vedením mladočeskej strany.
Roku 1899 Masaryk opäť raz rozšíril okruh svojich odporcov tým, že sa zastal Žida Leopolda Hilsnera (tzv. Hilsnerova aféra) z Polnej obvineného z rituálnej vraždy mladej dievčiny. Išlo o to, že sudcovia a vyšetrovatelia zvalili vinu na túlavého Žida, aby tak odvrátili pozornosť od vlastnej neschopnosti vypátrať vraha. Masaryk sa zásadne postavil proti primitívnemu antisemitizmu, klerikalizmu a nacionalizmu nehodnému kultúrneho národa. Podobne bránil srbských a chorvátskych vlastencov, ktorých rakúske súdy súdili na základe vyfabrikovaných dokumentov (Friedjungov proces).
Roku 1899 založil vlastnú realistickú stranu, ktorej predsedom bol až do roku 1914. Bojoval proti Riegrovi za samourčovacie právo národov, zasadzoval sa za osemhodinový pracovný čas a za všeobecné hlasovacie právo. Dva razy navštívil Ameriku. (Strana sa medzi rokmi 1900-05 nazývala Česká strana ľudová a v rokoch 1905-14 Česká strana pokroková.)
Roku 1907 bol znovu zvolený za poslanca ríšskeho snemu. Ako poslanec bránil práva českého národa a odhaľoval praktiky vládnucich viedenských kruhov aj samého ministra zahraničia Aerenthala. Po Černovskej tragédii na Slovensku v roku 1907 (maďarskí žandári zastrelili viacerých slovenských veriacich, vrátane tehotných žien a detí, len preto, že chceli, aby im kostol vysvätil ich rodák Andrej Hlinka a nie cudzí, biskupom určený farár) v ríšskom sneme vyslovil ostrý protest proti tomuto maďarskému „barbarstvu“.
Svoje filozofické a politické názory ozrejmil v dielach ako Česká otázka, Otázka sociální (1898, protimarxistické dielo), Rusko a Evropa.
Na začiatku svojej politickej dráhy Masaryk ešte obhajoval zachovanie Rakúska a chcel, aby sa reformovalo na štát rešpektujúci všetky svoje národy. Po vypuknutí prvej svetovej vojny roku 1914 (Masaryk mal vtedy už 64 rokov) už v októbri toho istého roku spracoval prvú predstavu o Česko-Slovenskom štáte, ktorá bola určená R. W. Setonovi-Watsonovi, ktorý ju spracoval do podoby memoranda pre britskú vládu. Keďže pochyboval o životaschopnosti Rakúska-Uhorska, emigroval v decembri do západnej Európy (v decembri 1914 Taliansko, potom Švajčiarsko, Paríž, a od jesene 1915 Londýn), nadviazal styk so zahraničnými priateľmi Čechov a Slovákov a postavil sa do čela odboja za rozbitie Rakúsko-Uhorska a vytvorenie spoločného štátu Čechov a Slovákov. Išlo o to presvedčiť štáty Dohody, že treba Rakúsko-Uhorsko zrušiť. Vo Francúzsku začal vychádzať časopis La Nation Tchèque (Český národ) a vo Švajčiarsku sa založil dvojtýždenník Československá samostatnost. V máji 1915 adresoval britskému ministrovi zahraničia memorandum Samostatné Čechy, kde predstavil budúci štát ako monarchiu spájajúcu Čechy, Moravu, Sliezsko a Slovensko [v tom čase sa – ako poznamenal aj Štefánik - často používal pojem český a pod. namiesto česko-slovenský, aby sa nevyvolal dojem v zahraničí, že má vzniknuť „ďalšie Rakúsko-Uhorsko“]. V júli 1915 predniesol v Ženeve otvorený protirakúsky prejav. V Londýne prednášal Masaryk na londýnskej univerzite a pred vysokými predstaviteľmi „O probléme malých národov“. Bol v kontakte so Štefánikom, ktorý Masarykovi vybavil audienciu u francúzskeho predsedu vlády Brianda. V roku 1916 založil v Paríži spolu s Edvardom Benešom a Štefánikom Česko-slovenskú národnú radu (akúsi dočasnú vládu vznikajúceho Česko-Slovenska), ktorej sa stal predsedom. Medzi májom 1917 a marcom 1918 bol Masaryk v Rusku, kam sa vybral organizovať česko-slovenské légie. Zažil tam Októbrovú revolúciu v roku 1917 a zaujal k nej negatívny postoj. Po bitke pri Zborove cestoval 23 dní sibírskou magistrálou do Vladivostoku. Ďalej rôzne intervenoval, prednášal a konferoval s americkým prezidentom Wilsonom, ťažiac zo svojej povesti bojovníka proti antisemitizmu a za demokratizáciu strednej Európy.
V máji 1918 sa podieľal na príprave Pittsburskej dohody medzi českými a slovenskými krajanskými organizáciami v Spojených štátoch a stal sa jedným z jej signatárov. 14. októbra sa stal predsedom dočasnej česko-slovenskej vlády v Paríži a 18. októbra vydal vo Washingtone Vyhlásenie o nezávislosti Česko-Slovenska, v ktorom deklaroval vytvorenie samostatného, demokratického česko-slovenského štátu. 14. novembra 1918 ho Revolučné národné zhromaždenie (česko-slovenský parlament) zvolilo za prezidenta, ale až 20. decembra 1918 sa vrátil z emigrácie do Čiech. 21. decembra pricestoval do Prahy a 22. decembra 1918 prečítal členom vlády svoje prvé prezidentské posolstvo.
V roku 1924 vydal svoje pamäti o zahraničnom odboji nazvané Světová revoluce. V rokoch 1920, 1927 a 1934 ho parlament opätovne zvolil za prezidenta, ale v 14. decembra 1935 odstúpil zo zdravotných dôvodov. Zostal žiť na zámku v Lánoch, kde i o necelé dva roky neskôr, v septembri 1937, zomrel.