K najväčším tragédiám politického režimu počas vojny patrí osud slovenských občanov židovskej národnosti a vierovyznania. Spočiatku boli zbavení ľudských, občianskych a politických práv. na šatách museli nosiť žltú šesť cípu hviezdu, nesmeli vykonávať povolania v štátnej službe a vo verejnej správe, zdržiavať sa na verejných priestranstvách a v kultúrnych inštitúciách, voľne nakupovať, ani sa vzdelávať vo vyšších ako ľudových školách. Po vydaní tzv. židovského kódexu boli židia zbavení majetku, nesmeli sa voľne pohybovať a boli sústredení do get. Sociálny problém ožobráčených židov viedol vládu k podpísaniu dohody s nacistickým Nemeckom o vysídlení všetkých slovenských židov na územie ríše - do Generálneho gouvermentu v Poľsku. Nemecká vláda sa zaviazala, že sa o týchto slovenských občanov postará, za čo slovenská vláda zaplatila po 500 ríšskych mariek (asi 5 000Sk) za každého vyvezeného. Lenže tzv. „konečné riešenie židovskej otázky“ znamenalo v nacistickom slovníku ich vyvraždenie. Vedúci predstavitelia Slovenskej republiky plne zodpovedali na vyvezenie 57 628 slovenských židov, z ktorých až na niekoľko sto všetci zahynuli – predovšetkým starí ľudia, ženy a deti. Hlavné transporty odišli z Popradu, Serede, Novák, Žiliny a Bratislavy od marca do októbra 1942 za ponižujúcich a neľudských podmienok vo vagónoch pre dobytok. Ani výnimky pred transportom, ktoré udeľoval prezident Tiso, nedokázali tento neľudský čin zmierniť. Proti konaniu slovenskej vlády protestoval aj Vatikán. Keď prenikli na verejnosť správy o vyvražďovaní židov v Poľsku, boli transporty zastavené. Po vypuknutí SNP sa transporty obnovili. Do likvidačných táborov vyviezli vyše 12 000 židov a viac ako 1 000 ich postrieľali priamo na slovenskom území. Protižidovskú propagandu podporovala časť slovenských občanov, ktorí cítili možnosť obohatiť sa. Iní Slováci sa často s nasadením vlastného života pokúšali prenasledovaných občanov zachrániť. Táto kapitola našich dejín patrí k najtemnejším v histórii. Bola zákonitým vyústením nedemokratickej, rasistickej politiky radikálneho krídla HSĽS, ktoré spojilo svoje osudy s osudom nacistického Nemecka, ostalo mu verné až do posledných dní vojny a zdiskreditovalo SR v očiach povojnovej Európy.