Preto cirkevné i svetské vrchnosti vydali proti tejto sekte prísne nariadenia a jej členov ničili ohňom a železom ako nebezpečných blúznivcov. Bula pápeža Gregora X. z roku 1272 vyzýva záhrebského päťkostolného biskupa, aby zorganizoval inkvizíciu proti kacírom. Pravda, znenie buly neuvádza, akých kacírov a na ktorom území má pápež na mysli. Je možné, že bulou Svätá stolica chystala vlastne pohon na bogomilských kacírov, ktorí žili na území týchto dvoch diecéz, pokiaľ toto územie bolo južne od Uhorska. V tom istom čase aj olomoucký arcibiskup pripomína, že v Uhorsku žijú kacíri. Dokonca pápež poslal do Uhorska svojho legáta so špeciálnym poverením proti kacírom. Toto proticirkevné hnutie čoskoro prerástlo do otvoreného povstania, ktoré bolo len s ťažkosťami potlačené. Na uľahčenie boja proti kacírstvu na ohrozených územiach krajiny bolo založených niekoľko františkánskych a dominikánskych kláštorov.
Od polovice 13. storočia stáli príslušníci františkánskej rehole pred ťažkou dilemou. Časť mníchov sa usilovala ostať verná učeniu zakladateľa rádu Františka z Assisi, žila v úplnej chudobe, z práce svojich rúk alebo zo žobrania, a bola presvedčená, že ani cirkev nemá disponovať majetkom. Samozrejme, pápež i cirkevné kruhy a väčšina františkánov sa s hnevom postavili proti týmto radikálnym skupinám, ktoré útočili práve na najcitlivejšie miesto cirkvi a vlastne celej vládnúcej triedy. Preto vstúpila do akcie inkvizícia. Chmúrne žaláre kláštorov sa zaplnili, vzbĺkli plamene hraníc. Pápež Ján XXII. prikázal, aby aj v Uhorsku inkvizícia prenasledovala radikálnych františkánov. Nevie sa však, čo títo inkvizítori vykonali.
Pramene zo 14. storočia sa už častejšie zmieňujú o uhorských kacíroch. Poukazujú na to, že uhorskí kacíri boli v spojení s nemeckými a poľskými skupinami podobných názorov. Pápež očakával, že proti týmto sektám vystúpia práve príslušníci žobravých reholí, a preto vyzval uhorského kráľa Karola Róberta, aby tieto rehole podporoval, a zároveň splnomocnil predstaveného dominikánskej rehole v Uhorsku, aby proti kacírom vyhlásil križiacku výpravu a vymenoval inkvizítorov. Ako pápežov splnomocnenec prišiel do Uhorska dominikánsky mních Matej. Z konca 14. storočia však už vieme o uhorských kacíroch viac, lebo sa zachovali doklady o tom, že tak ako po celej Európe, aj sem sa rozšírila sekta valdéncov,
ktorú založil Prierre Valdo, bohatý obchodník, ktorý po preštudovaní biblie rozdelil svoj majetok medzi chudobných, opustil rodinu, obliekol si plstenú
kutňu a šiel po žobrote a kázal o svojich názoroch. Jeho prívrženci sa nazývali valdénci.