Košice po požiaroch získavajú pomoc pri rekonštrukcii opevnenia od miest Bardejov, Levoča a Prešov. 1564 - Na trón nastúpil Maximilán I. Habsburský. Vládol do roku 1576. 1568 - Spišská komora založila svoje sídlo v Košiciach. 1576 - Na trón nastúpil Rudolf II. Habsburský. Vládol do roku 1608. 1578 - Mesto Košice na opustenom a požiarom zničenom Dominikánskom kostole dalo opraviť strechu a zriadilo tam sklad potravín. 1583 - V Košiciach pobýva vyslanec pápeža Gregora XII. Antol Possevino. Jeho úlohou je uzatvorenie mieru medzi Rudolfom II. Habsburským a poľským kráľom Štefanom Báthorym. 1584 - V januári mesto dostalo nariadenie Rudolfa II. Habsburského, ktoré vydal 31. augusta 1583. Týmto cisár nariadil, aby bol v jeho krajinách prijatý gregoriánsky kalendár, ktorý 24. februára 1582 schválil pápež Gregor XIII. 1597 - Jágerská kapitula sa na základe nariadenia kráľa sťahuje do Košíc. Stalo sa tak v dôsledku vojenského obsadenia mesta Jáger (Eger). 1600 - Na začiatku 17. storočia patrili Košice pod vládu kráľa a cisára Rudolfa II. Habsburského. Na trón nastúpil 1576 - 1608. 1603 - 11. XI.: Cisár Rudolf II. Habsburský vyzval magistrát Košíc, aby vydal Dóm. sv. Alžbety a kaplnku sv. Michala katolíckej cirkvi. Stalo sa tak na výzvu generála Barbiana. Kostol i kaplnka mali patriť spätne pod Jágerskú kapitulu. 1604 - 7. I.: Generál Barbiano odovzdal rozkaz, ktorým odovzdal Dóm sv. Alžbety a kaplnku sv. Michala katolíckej cirkvi. Richtár Košíc Jan Bocatius a evanjelická mestská rada odchádzajú do Prahy, kde žiada u cisára Rudolfa II. o zmenu rozhodnutia. Po neúspechu žiadajú o pomoc Štefana Bočkaja.
Mesto sa dostáva pod ochranu vojsk Jána Bočkaja. Bočkaj do Košíc prišiel 11. 11. 1604. Toto mesto si vybral za svoje sídlo protihabsburských povstaní a zotrval v ňom až do svojej smrti v roku 1606. Dóm sv. Alžbety odovzdal evanjelikom a kaplnku sv. Michala Slovákom (!). V čase jeho ovládania mesta tu dva razy zvolal zasadnutie snemu a prijal návštevu sultána. 1606 - 22. XII.: Smrť Štefana Bočkaja. Z mesta bol vynesený v rakve dolnou bránou dňa 3. februára 1606. 1607 - 15.II.: Po Bočkajovej smrti mesto Košice stratilo vojensky silného ochrancu a uzatvorilo tzv. Viedenskú mierovú dohodu, ktorou prisahalo vernosť cisárovi Rudolfovi II. Habsburskému. 1610 - Košice majú prvú tlačiareň. Jej majiteľom je Ján Fischer. 1619 - Na trón nastupuje Ferdinad II. Habsburský, ktorý vládol až do roku 1637.
V západnej časti mesta vypukol požiar. Zhorelo okolie dominikánskeho kostola, mäsiarska ulica, poškodené bolo aj opevnenie mesta.