Mesto síce nemalo vlastné pramene vody, ale malo fungujúci systém cisterien a vodovod z rímskej doby. Na čele egyptskej posádky stál .. Iftichár ad-Dawla, ktorý velil arabským a sudánskym vojakom. Mal dobrú výstroj a dostatok zásob ale nie dosť mužov na obranu všetkých úsekov hradieb.29 Iftichár dal pred obliehaním otráviť všetky okolité studne a zničil všetky zásoby potravín mimo Jeruzalema. Križiaci boli preto od začiatku sužovaní nedostatkom vody, jedla ale aj horúcim letným počasím. Bolo jasné, že obliehanie sa musí skončiť čo najrýchlejšie, lebo sa očakával príchod arabskej armády z Egypta.
Ešte pred zahájením bojov o Jeruzalem sa križiaci definitívne rozišli z Byzanciou, keď odmietli pomoc byzantského vojska a cisár Alexios poslal Fátimovcom posolstvo v ktorom sa dištancoval od akcií križiakov v Palestíne.

Obliehanie

Križiacke vojsko malo už iba okolo 12 000 mužov a velitelia sa obávali útoku na tak dobre opevnené mesto, keďže nemali žiadne obliehacie stroje. Napriek tomu na radu mnícha z Olivetskej hory 13. júla napadli križiaci mesto, no boli odrazení. Bezvýchodiskovú situáciu zmenil až príchod janovských a anglických lodí, ktoré doviezli potraviny, drevo a remeselníkov na stavbu obliehacích veží a rebríkov. Križiaci postavali dve veže. Jednu mal pod kontrolou Godefroi, jednu Raimond. Mesto bolo príliš rozsiahle a križiaci ho nemohli úplne obkľúčiť. Na severnej strane bolo vojsko z Normandie a Flandier. Na severovýchode útočil Godefroi ..., juhozápad obliehali Provensálci s Raimondom. Tankred .. sa postavil na sever od Raimonda.30 Predtým ako sa veže dali posunúť k mestu, bolo treba zasypať priekopy okolo hradieb. Toto sa podarilo 13. augusta a v noci 14. sa Raimond pokúsil o útok ale bol nútený ustúpiť. Útok pokračoval na druhý deň. Tentoraz Godefroi okolo poludnia dostal vežu až k hradbám a padacím mostom spojil hradby s vežou. Dvaja flámsky rytieri prebehli po moste a za nimi nasledoval Godefroi s hŕstkou vybraných mužov.31 Keď rytieri obsadili časť hradieb, zdola o ne ostatní opreli rebríky, vyšplhali sa hore, aby pomohli Godefroiovi. Obrana bola zlomená a Jeruzalem bol pre moslimov stratený. Križiaci v Jeruzaleme

Zatiaľ čo Godefroi bojoval na hradbách, zišiel Tankred do mesta a otvoril bránu ostatným vojakom. Na druhej strane sa do mesta dostal aj Raimond a jeho Provensálci. Po dobytí hradieb sa rozpútal obrovský masaker. Križiaci dlhú dobu trpeli pred mestom a boli takmer šialení od zúrivosti a prežitého utrpenia.