Rovnaký pokrok možno ešte zreteľnejšie sledovať na anjelovi a krajine za ním v časti Verrocchiovho obrazu Kristov krst. Je to už práca budúceho „vynálezcu“ geometrickej, architektonickej štruktúry obrazu, ktorá sa udržala celé 16. storočie. Identifikácia Leonardových diel bola vždy problémom, o čom svedčí aj obraz Zvestovanie, ktorý je dnes v Louvri. Jedná sa o malý tabuľový obraz (14x59 cm), ktorý sa až do roku 1875 prisudzoval Domenicovi Ghirlandaiovi. Dnes sa pokladá za isté, že vznikol vo Verocchiovej dielni. Uplatňuje sa v ňom už leonardovská koncepcia priestorovej hĺbky, založenej na slede svetlých tvarov a plôch na tmavom pozadí. Ďalšie Zvestovanie pochádza z kostola San Bartolomeo v Monteoliveto. Je oveža väčšie ako Zvestovanie z Louvru a dlho sa pripisovalo takisto Ghirlandaiovi. Tvár dôstojnej mladučkej Panny Márie pripomína skôr Verrocchia, kým mimoriadne čistý profil anjela poukazuje na Botticelliho. Avšak prenikavý, takmer prírodovedný záujem o vegetáciu lúky a hĺbku priestoru, docielenú striedaním svetlých a tmavých horizontálnych pásov, je už typický re Leonarda. Ďaleká a tajomná krajina s niekoľkými loďkami v pozadí je takisto poznačená jeho napodobiteľnou osobitnosťou.

Striedanie jasných a tmavých tónov, rytmicky radených za sebou a nahrádzajúcich lineárnu perspektívu nachádzame aj v Portréte Ginevry Benciovej, ktorý je pokladaný za jeho prvú majstrovskú podobizeň.
Výrazný kompozičný vývoj, ktorý od jeho mníchovskej Madony s klincom viedol až k Madone v skalách, môžeme sledovať na množstve štúdií a skíc, zobrazujúcich s veľkou kompozičnou a dynamickou rozmanitosťou Matku s dieťaťom, ktoré sa hrá s mačkou. Podľa prípravných skíc mala mať kompozícia dynamický tretí prvok, v tomto prípade mačku, ktorá mala v rozpore s hierarchickosťou a neprístupnosťou florentských Madon prispieť k poľudšteniu Matky s dieťaťom motívom hry. Známa Madona v skalách má dve verzie. Prvá je dokončená a je celá z Leonardovej ruky; vznikla na objednávku jedného milánskeho bratstva, ale obrazu sa zmocnil Lodovico Sforza. Druhú namaľoval zrejme pod Leonardový vedením jeho žiak Ambrogio de Predis.

Klaňanie sa troch krážov je nedokončená práca, ktorá má mimoriadny význam pre štúdium maliarovej techniky. Znamenal tiež výraznú zmenu v chápaní tohto tradičného námetu. Na obraze vidíme vážnu tajomnú udalosť, vzbudzujúcu úžas v zhromaždených postavách. Svätý Hieronym, dielo z Leonardovho prvého florentského obdobia, zobrazuje prenikavo expresívnu svätcovu postavu, ktorá dokonale zodpovedá maliarovým názorom na eminentne výrazovú hodnotu tvárí a gest, ktoré opísal vo svojich Úvahách o maliarstve.

Dáma s hranstajom bola identifikovaná ako portrét Cecílie Galeraniovej, favoritky Lodovica Mora. Napriek priateľstvu, ktoré táto dáma prechovávala k Leonardovi a aj napriek narážke, ktorú možno predpokladať v hranostajovi (po grécky galé), nejestvuje doklad, ktorý by potvrdzoval, že ide o jej portrét. Rozhodne však nie je náhodná podobnosť vo výraze mladej krásnej ženy so zvieraťom v náručí. Leonardo chcel poukázať na určitú plachosť, ale aj na hrdú, neskrotnú povahu, spojenú s prirodzenou čistotou.

Leonardové štylistické inovácie sú asi najviac viditeľné v diele Posledná večera, v ktorej reprezentoval tradičný motív úplne novým spôsobom. Namiesto toho, aby zobrazil 12 apoštolov ako individuálne postavy, zoskupil ich ako dynamické kompozičné celky po troch, zvýrazňujúc postavu Krista, ktorý je akoby izolovaný v centre obrazu. Začlenenie výjavu do reálneho priestoru refektára predstavuje vrchol florentskej perspektívy. Tri otvory v pozadí s výhľadom krajiny vytvárajú ilúziu nekonečnej hĺbky s odvážnym protisvetlom.

Známe sú tiež dve zobrazenia Svätej Anny Samotretej. Jedno ako kartón, ktorý nebol nikdy realizovaný na plátne (je uložený v Londýnskej národnej galérii), pretože sa naspomína v nijakom prameni. Pre svoju pôsobivú modeláciu a bohatú drapériu sa kresba prirovnávala k bohyniam Feidiových reliéfov na Partenone. Všetky štyri postavy, ktoré akoby uhýbali pohľadom, sa vyznačujú obdivuhodnou prirodzenosťou, pritom však nestrácajú nič z monumentality a symbolickosti. Druhý obraz sa nachádza v Louvri. Ihlanová kompozícia postáv dosahuje v tomto diele obťažnú a odvážnu dynamickú rovnováhu. Všetky postavy sú zachytené v mimoriadne spontánnych a osobitných pohyboch; odvážny je najmä postoj sv.Anny, ktorá je uprostred skupiny a obracia hlavu a hornú časť tela na opačnú stranu ako nohy.