V anatémach nasmerovaných proti Nestoriovi, Cyril hovorí tiež o "jednote prirodzenosti" /henosis fysike/, lebo ešte nebolo rozlišovanie medzi prirodzenosťou a hypostázou. V traktáte proti Nestoriovi Cyril prijíma formulu: jedna prirodzenosť Boha, Slova, Vtelenia a prijímajúc túto formulu, bol presvedčený, že pochádza od Atanáza, keď ona v skutočnosti pochadzala od nejakého prívrženca apolinarizmu. Chápajúc cez "mia fisis" konkrétne bytie, teda osobu, nemožno nevidieť v nej predpoklady neskoršieho monofyzitizmu.
Nestórius odhodil Cyrilove listy a sám sa obrátil k pápažovi Celestínovi I., aby ho poinformoval o určitom trápení zapálenom v cirkvi v Konštantinopole. Pápež na rímskej synode odsúdil Nestória. Cezar Teodozius II. zvolal do Efezu snem v roku 431.

Efezsky snem otvoril Cyril, nečakajúc na biskupov z Antiochijského patriarchátu na čele s Jánom z Antiochie a taktiež ani na pápežových legátov. Snem prečítal druhý Cyrilov list Nestoriovi a potvrdil, že tento list je zhodný z nicejským vyznaním viery. Ale Nestoriov list bol uznaný ako nezhodný z nicejským Credo. Nestorius bol uznaný za heretika a bol pozbavený úradu. Tento verdikt bol vydaný hneď prvý deň, bol prijatý a schválený o dva týždne neskôr, keď pricestovali pápežskí legáti.
Efesky snem nevyhlásil Cyrilove anatémy /12/: jedine schválil druhý Cyrilov list Nestoriovi. Jeho obsah sa dá vyjadriť nasledujúcim spôsobom: Odvečny Syn Otca je tým, ktorý popri telesnom zrodení bol zrodený z Márie Panny; podľa toho je Mária nazvaná Theotokos, Bohorodičkou. Vyjadrenie z listu: "zjednotenie podľa hypostázy" ako také nebolo zadefinované, "no chce povedať, že nejde o zjednotenie čisto morálne, ale skôr náhodné. V Kristovi existuje jeden podmet, ktorému sa všetko pripisuje, čiže božstvo a človečenstvo tvoria "jedného Pána, Krista a Syna."

Symbol porozumenia medzi Cyrilom a Jánom bol príčinou dlhotrvajúcich jednaní vedených za cieľom dobudovať jednutu medzi Alexandriou a Antijochijou. Predstavitelia antiochijského patriarchátu zhromaždený okolo Jána z Antiochije, nestotožňovali sa z náukou Nestoria, neprijali vyhlásenie cyrilovho snemu, zavrhli anatémy a Cyrila s jeho stúpencami vylúčili zo spoločenstva ako heretykov. Pre prinavrátenie pokoja Ján z Antiochije predstavil symbol ktorý vypracoval Teodor z Cyru /+ 444/. V 433 roku tento symbol sa stal tzv. Dohodou. Mohli by sme ho pomenovať efezskym symbolom, lebo cez toto vyznanie prehovorili všetke zainteresované strany, ktoré boli povinné dôjsť k porozumeniu. Vyhýba sa nešťastným Cyrilovým výrazom, ako: "jedna prirodzenosť" alebo "jednota prirodzenosti" a na to miesto kladie to, čo priamo vyjadruje "zjednotenie dvoch prirodzenosti", podľa ktorých Kristus je opravdivý Boh a opravdivý človek.
Jeden a ten istý Boží Syn narodený pred vekmi z Boha, bol zrodený z Márie podľa človečenstva. Z toho potom Márii patri titul "Theotokos" .

8. 7. Dve prirodzenosti: monofizitska kontroverzia a Chalcedónsky snem.
8. 7. 1. Eutyches, predstaviteľ monofizitizmu.
Konštantinopolský patriarcha Proklus (434 – 446) hľadal formuláciu, ktorá by bola schodná pre alexandrijsku a antiochijsku teológiu. Táto formulácia mala mať vyjadrenie „dve prirodzenosti v jednej hipostáze“. Eutyches sa predsa chcel pridržať Cyrilovej formulácie, ktorá hovorí o jednej prirodzenosti. Začal rozširovať učenie monofizitizmu a preto bol obvinený z herézy. Patriarcha Flavian ho povolal na synodu v Konštantinopole v 448 roku a predložil mu nasledujúcu formuláciu vyznania: „Vyznávam, že Kristus má dve prirodzenosti po Vtelení, v jednej hypostáze a v jednej osobe“. Eutyches zavrhol túto formuláciu. Jeho postoj môžeme vyjadriť nasledujúcim spôsobom: Ježiš Kristus pred Vtelením mal by mať dve prirodzenosti a po Vtelení len jednu. Nemal prirodzenosť, ktorá by spolu existovala s našou prirodzenosťou. Teodor z Cyru hovorí, že podľa Eutychesa ľudská prirodzenosť bola úplne pohltená Božskou prirodzenosťou (podobne ako sladka voda slanou vodou). Eutyches bol uznaný za heretika a bol Flaviánom exkomunikovaný. Odvolal sa k pápežovi v Ríme (a k veľa iným biskupom). Pápež Leon I. Veľký napísal pri tejto príležitosti list nazvaný Tomos ad Flavianum, v ktorom potvrdil Eutychovo odsúdenie. (DS 290 nn).

Cézar Teodozius II, ktorý mal slabosť na Eutycha, zvolal snem do Efezu v 449 roku. Tento snem viedol Dioskuros. Nedovolil prečítať „Tomos“ Leona I., a Eutychesovi prinavrátil všetky práva a privilégia. Flavian bol uznaný za heretika a bol pozbavený úradu (nasledne bol zbitý egyptskými mníchmi) a bol odsúdený do vyhnanstva. Tri dni po týchto udalostiach zomrel.
Leon Veľký nazval tento snem rozkolom a neuznal ho. Po smrti Teodozia II., jeho stúpenci sestra s manželom Marcianom zvolali nový snem do Nicey. V skutočnosti sa uskutočnil v Chalcedone roku 451. Dioskur bol pozbavený úrad a monofizitizmus bol zavrhnutý ako heréza spolu s Eutchesom.

8. 7. 2. Definícia Chalcedonského snemu.
Chalcedónsky „Horos“:
„Idúc za svätými Otcami, jednohlasne učíme vyznávať, že je jeden a ten istý, Pán náš Ježiš Kristus, dokonaly v božstve a dokonalý v človečenstve, pravdivý Boh a pravdivý človek, pozostávajúci z rozumnej duše a tela, spolujestvujúci s Otcom v Božstve, spolujestvujúci s nami v človečenstve, - veď bol podobne skúšaný o všetkom okrem hriechu – (Hebr 4, 15).
Pred vekmi z Otca narodený ako Boh, v ostatných časoch pre nás a pre našu spásu narodil sa ako človek z Márie Panny, Bohorodičky: jedného a toho istého Krista Pána, Jednorodeného Syna treba vyznávať v dvoch prirodzenostiach ,nezmiešane, nezmenene, neoddelene a neodlúčene. Nikdy nezanikly rozdielnosti prirodzenosti, ani ich zjednotením, ale ostala zachovaná vlastnosť obidvoch, tvoriacich jednu osobu a jednu hypostázu. Nie je možné deliť Ho na dve osoby a ani v Ňom ich rozdeľovať, lebo je jeden a ten istý jednorodený Syn, Božie Slovo, Pán Ježiš Kristus, ako predtým to o Ňom učili proroci, ako o tom nás učil sám Ježiš Kristus a ako nám to odovzdal (zanechal) Symbol Otcov.

Preto s veľkou starostlivosťou a usilovnosťou rozhodol a určil Všeobecný snem, že inú vieru nikomu nie je dovolené ohlasovať, písať, vysvetľovať, myslieť alebo iných učiť.“(BF VI. 8).
a)Snem vyzdvihuje skôr vypracovanú Kristológiu. Syn je „jeden a sám“, zhodne s tým, čo hovoril už Irenej (heis kai ho auton).
-Tento Syn je skutočným Bohom a skutočným človekom: náuka proti anasticizmu a doketizmu.
-Ako človek Kristus má telo a rozumnú dušu, v tom spočíva zavrhnutie arianského bludu a bludu apolinaristov.
-Je spolujestvujúci s Otcom: Nicejský snem.
-Je spolujestvujúci s nami: tvrdenie proti apolinaristom a proti Eutychesovi.
-Je narodený z Márie Panny, Theotokos, a ešte pripomenutie Efezského snemu (431) a „textu dohody“ z roku 433.
b)Snem vyhlasil dvojitosť prirodzenosti a to dvojitosť, ktorá existuje v Kristovi aj po zjednotení. Na sneme bola navrhnutá formulácia, prichystaná Anatolom, konštantinopolským biskupom a jeho komisiou, v ktorej bola reč, že Kristus je „z (ek) dvoch prirodzenosti“, a nie „v (en) dvoch prirodzenostiach“. Pápežskí legáti, neuznávaní biskupmi antiochijského patriarchatu, žiadali zmenu tejto formulácie a dosiahli svoj cieľ. Dioskur alexandrijský bol naklonený prijať Anatolovu formuláciu, ale nechcel prijať jej zdeformovanú verziu. Snem prijíma rímsku verziu a antiochijsku verziu zavrhol a odsúdil všetke formy monofizitizmu.
Snem kladie dôraz na tú dvojitosť, ktorá trvá v Ježišovi Kristovi. Dve prirodzenosti sú: inconfuse, immutabiliter. Treba to chápať v tom význame, že rozdielnosť nebola zjednotením v ničom narušená: podľa slov z Tomos Leona I. „salva igitur proprietate utriusque nature“ (DS 293). Leon vo svojom liste rozvinul tému rozdielnosti prirodzenosti, poukazujúc, že každá prirodzenosť má svoje vlastné účinkovanie. Snem vo svoej definícii nedotiahol túto záležitosť do konca, čím nechal miesto pre neskoršiu koncepciu monoenergizmu a monotelizmu.