Das mittelalterliche Nitra war in die Obere und Untere Stadt eingeteilt, die sich weiter auf eigenständige Vierteln mit ihren Richtern und eigenen Gemeindestempeln teilten. Hier entstanden auch vier eigenständige Pfarren mit Kirchen: die St. Michaeliskirche im Stadtteil “Vŕšok“, die St. Jacobkirche auf dem Hauptplatz, die St. Stefankirche im Viertel „Párovce“ und die Kirche der Mutter Gottes auf dem Kalvarienberg.

Seit Mitte des 18. Jahrhunderts blieb Nitra vor Kriegen erspart, was den Wiederaufbau der Stadt und die Renovation der Burg und der Kathedrale ermöglichte. Sehr wichtig für die Entwicklung der Unteren Stadt war das Errichten des Gauhauses auf dem Treffpunkt der Oberen und Unteren Stadt. Im südlichem Teil der Stadt wurde der Justizpalast gebaut. Die ruhigen Friedenszeiten ermöglichten das Aufbauen von mehreren Gebäuden auch in der Oberen Stadt (Kluchs Palast aus 1818-21, mit der berühmten Atlas-Statue in Nitra auch „Corgoň“ genannt, weiter der Aufbau des Gebäudes der pensionierten Priester aus dem Jahr 1832 und das Gebäude des Seminars mit der einzigartigen Diözesenbibliothek. Im Jahre 1835 wurde hier von Bischoff Wurum auch die erste Mädchenschule gegründet.

Im 19. Jahrhundert erreichte die Zahl der Einwohner 10 000 und die Administration begann komplizierter zu werden. Im Jahre 1873 verfügte Nitra über einen Magistrat mit einem Bürgermeister und einer Stadtverwaltung. Die nächste Entwicklung der Stadt wurde stark von den zwei Weltkriegen bezeichnet. In der neuen Tschechoslowakischen Republik ist Nitra zu einem Gausitz geworden.

Nach dem Zweiten Weltkrieg unterging sie einem mächtigen Aufbau durch welchen viele historische Denkmäler vernichtet wurden. Nitra erwerbte neue Schulen, viele wissenschaftliche und kulturelle Institutionen und wuchs so zu einem Zentrum des slowakischen Schulwesens, der Wissenschaft, Landwirtschaft und der Industrie.