Masaryk niekoľkokrát v tejto veci navštívil Belehrad a Záhreb, kde si overil situáciu. Zistil, že obžaloba je založená na falošných dokumentoch. Svojimi odhaleniami, ktoré zverejnil v parlamentných prejavoch, zachránil životy obvinených, ale znepriatelil si rakúskeho ministra zahraničných vecí. Svojou odbojnosťou a nekompromisnosťou upozornil na seba aj iných predstaviteľov rakúsko-uhorskej štátnej moci.
Od roku 1889 prichádza pravidelne so svojou rodinou na dovolenku do Bystričky pri Turčianskom Svätom Martine. Spriatelil sa s viacerými slovenskými intelektuálmi, spisovateľmi i jednoduchými obyvateľmi Turca. Prejavil veľký záujem o mladú slovenskú inteligenciu, ktorej pomáhal získavať štipendiá na českých vysokých, ale aj stredných a učňovských školách. Vplýval najmä na skupinu slovenských vysokoškolákov, ktorá sa zdržovala v pražskom spolku Detvan a na ďalšiu skupinu, ktorá si založila v Skalici časopis Hlas. Mladých ľudí si získal najmä svojím bojom za demokratické práva a občianske slobody všetkých obyvateľov štátu, za akademickú slobodu vysokých škôl a vedeckého výskumu.
Do roku 1914 nerozmýšľal o zániku monarchie. Propagoval jej pretvorenie na moderný federalizovaný štát rovnoprávnych národov. Po vypuknutí prvej svetovej vojny odišiel koncom roku 1914 do zahraničia, aby tam, v demokratickejších podmienkach západoeurópskych krajín a na pôde USA, bojoval za zánik Rakúsku-Uhorska a vznik slobodných samostatných národných štátov. Prvý pochopil nevyhnutnosť vytvorenia spoločného štátu Čechov a Slovákov, o čom už v roku 1914 informoval ministerstvá zahraničných vecí dohodových veľmocí. Žiadal ich o pomoc pri uskutočnení tohto veľkého plánu.
V roku 1916 sa stal predsedom centrálneho orgánu československého zahraničného odboja - Národnej rady československej. Úzko spolupracoval s E. Benešom a slovenským astronómom, politikom a francúzskym generálom Milanom Rastislavom Štefánikom, ktorý pomáhal Masarykovi preniknúť do vysokých politických kruhov vo Francúzsku. V máji 1918 pricestoval do USA. Zoznámil sa s americkým prezidentom W. Wilsonom, ktorému dal čerstvé informácie o situácii v Európe a o túžbe ujarmených národov v monarchii po národnej slobode. Nabádal českých a slovenských krajanov, ktorí sa pred vojnou vysťahovali do USA, aby podporili vznik spoločného štátu Čechov a Slovákov. Súčasne propagoval nevyhnutnosť združenia malých národov v povojnovej strednej Európe.