Na kongrese utláčaných národov monarchie a delegácií ďalších malých národov v októbri 1918 vo Filadelfii bol zvolený za predsedu novovytvorenej Stredoeurópskej demokratickej únie.
Po vzniku ČSR sa vrátil do oslobodenej vlasti. Národné zhromaždenie na svojom prvom zasadaní 14. 11. 1918 zvolilo T. G. Masaryka prezidentom. Rovnakú dôveru mu prejavili poslanci v prezidentských voľbách v roku 1920, 1927 a 1934. Jeho cieľom bolo vybudovať československý štát ako demokratickú republiku podľa západoeurópskych vzorov a podľa modelu USA, s ktorým sa v posledných rokoch dôvernejšie zoznámil. Presadzoval politickú a občiansku toleranciu. Združil okolo seba okruh intelektuálov, národohospodárov, bankárov, ľudí rôzneho politického presvedčenia a náboženského vierovyznania. Táto skupina dostala názov Hrad. Zohrávala významnú úlohu v politickom a hospodárskom živote ČSR. Stala sa informačným prameňom a poradným orgánom prezidenta aj vlády. Napriek mnohým snahám a iniciatíve prezidenta, mnohé problémy vnútropolitického aj ekonomického vývoja ČSR zostali nedoriešené a tvorili permanentné žriedlo nepokojov. Medzi ne patrili na prvom mieste štátoprávne vzťahy medzi Čechmi a Slovákmi a ich spoločný postoj k menšinovým národom, ktoré žili na území republiky. Premietli sa do všetkých oblastí politického, hospodárskeho a kultúrneho života. Popri národnostných vzťahoch nedoriešené zostali hospodárstvo - sociálne problémy. Tieto akútne otvorené otázky nadobudli veľký význam najmä v 30. rokoch, v čase priameho ohrozenia Československa zahraničným s agresorom. Ani Masaryk, ani vláda ČSR neboli schopní likvidovať vnútroštátne napätie, hoci v týchto chvíľach bola vnútorná konsolidácia celého štátu a jeho obyvateľov nanajvýš potrebná. V decembri 1935 T. G. Masaryk sa pre svoj vysoký vek a zlý zdravotný stav vzdal funkcie prezidenta. Vyslovil súčasne želanie, aby sa jeho nástupcom stal jeho blízky spolupracovník E. Beneš. Posledné dva roky života trávil Masaryk v kruhu svojej rodiny v Lánoch. Zomrel 14. 9. 1937.