Mnohé dediny a horské osady boli vypálené, muži odvlečení do koncentračných táborov, či priamo na mieste popravení. Počet popravených podľa obetí nájdených v masových hroboch, presiahol 5 000 osôb. Opäť sa začali zhromažďovať a posielať do vyhladzovacích táborov Židia. Bratislavská vláda už stratila kontrolu nad krajinou. Všetko bolo v rukách okupačnej nemeckej armády. Nová vláda na čele so Štefanom Tisom, ktorú prezident Jozef Tiso vymenoval 5.9., sa iba prizerala akciám nemeckých jednotiek.
Koniec vojny sa nezadržateľne blížil. Červená armáda a 1. československý armádny zbor prekročili 6.10. 1944 Dukliansky priesmyk a vstúpili na územie Slovenska. Prvý ukrajinský front a 1. československý armádny zbor postupovali od severovýchodu, 4. ukrajinský front od východu a 2. ukrajinský front spolu s rumunskou armádou od juhovýchodu. Postup spojencov sťažoval hornatý terén, napokon však vytlačením nemeckých vojsk z Bratislavy 4. 4. 1945 bola väčšina slovenského územia oslobodená. Vojna sa na slovenskom území definitívne skončila začiatkom mája. Prezident Jozef Tiso emigroval do Rakúska. Eduard Beneš
3. apríla priletel z Moskvy do Košíc a 5. apríla nová vláda, menovaná Benešom, vyhlásila program známy ako Košický vládny program.